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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41090 | |||||||||
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タイトル | Composite map of TTLL6 bound to unmodified human microtubule | |||||||||
マップデータ | Composite map of TTLL6 bound to unmodified human microtubules. | |||||||||
試料 |
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キーワード | tubulin post-translational modifications / microtubules / TTLL / LIGASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / odontoblast differentiation ...positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / odontoblast differentiation / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule bundle formation / Kinesins / Hedgehog 'off' state / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / GTPase activating protein binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / natural killer cell mediated cytotoxicity / intercellular bridge / regulation of synapse organization / nuclear envelope lumen / MHC class I protein binding / cytoplasmic microtubule / Recycling pathway of L1 / microtubule-based process / RHOH GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / spindle assembly / cellular response to interleukin-4 / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / tubulin binding / ciliary basal body / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / PKR-mediated signaling / mitotic spindle / cilium / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / Aggrephagy / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / azurophil granule lumen / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / double-stranded RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / cell body / microtubule / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / membrane raft / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / GTP binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Mahalingan KK / Grotjahn D / Li Y / Lander GC / Zehr EA / Roll-Mecak A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Structural basis for α-tubulin-specific and modification state-dependent glutamylation. 著者: Kishore K Mahalingan / Danielle A Grotjahn / Yan Li / Gabriel C Lander / Elena A Zehr / Antonina Roll-Mecak / 要旨: Microtubules have spatiotemporally complex posttranslational modification patterns. Tubulin tyrosine ligase-like (TTLL) enzymes introduce the most prevalent modifications on α-tubulin and β-tubulin. ...Microtubules have spatiotemporally complex posttranslational modification patterns. Tubulin tyrosine ligase-like (TTLL) enzymes introduce the most prevalent modifications on α-tubulin and β-tubulin. How TTLLs specialize for specific substrate recognition and ultimately modification-pattern generation is largely unknown. TTLL6, a glutamylase implicated in ciliopathies, preferentially modifies tubulin α-tails in microtubules. Cryo-electron microscopy, kinetic analysis and single-molecule biochemistry reveal an unprecedented quadrivalent recognition that ensures simultaneous readout of microtubule geometry and posttranslational modification status. By binding to a β-tubulin subunit, TTLL6 modifies the α-tail of the longitudinally adjacent tubulin dimer. Spanning two tubulin dimers along and across protofilaments (PFs) ensures fidelity of recognition of both the α-tail and the microtubule. Moreover, TTLL6 reads out and is stimulated by glutamylation of the β-tail of the laterally adjacent tubulin dimer, mediating crosstalk between α-tail and β-tail. This positive feedback loop can generate localized microtubule glutamylation patterns. Our work uncovers general principles that generate tubulin chemical and topographic complexity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41090.map.gz | 7.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41090-v30.xml emd-41090.xml | 23.2 KB 23.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41090_fsc.xml | 20.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41090.png | 151.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41090.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_41090_half_map_1.map.gz emd_41090_half_map_2.map.gz | 562.1 MB 558.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41090 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41090 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41090_validation.pdf.gz | 537.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41090_full_validation.pdf.gz | 536.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41090_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41090_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41090 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41090 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 699 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of TTLL6 bound to unmodified human microtubules. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Second half-map of TTLL6 bound to unmodified human microtubules.
ファイル | emd_41090_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Second half-map of TTLL6 bound to unmodified human microtubules. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: First half-map of TTLL6 bound to unmodified human microtubules.
ファイル | emd_41090_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | First half-map of TTLL6 bound to unmodified human microtubules. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TTLL6 bound to unmodified human microtubule
全体 | 名称: TTLL6 bound to unmodified human microtubule |
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要素 |
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-超分子 #1: TTLL6 bound to unmodified human microtubule
超分子 | 名称: TTLL6 bound to unmodified human microtubule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Microtubules were decorated with TTLL6 on electron microscopy grids |
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分子量 | 理論値: 100 KDa |
-超分子 #2: alpha1B and betaI/betaIVb microtubule
超分子 | 名称: alpha1B and betaI/betaIVb microtubule / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: kidney / 細胞中の位置: cytoplasm |
-超分子 #3: Tubulin polyglutamylase TTLL6 in complex with unmodified human mi...
超分子 | 名称: Tubulin polyglutamylase TTLL6 in complex with unmodified human microtubule タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞中の位置: cytoplasm |
-分子 #1: Tubulin alpha-1B chain
分子 | 名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: kidney / 組織: kidney |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVD LEPTVIDEVR TGTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL D RIRKLADQ CTGLQGFLVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVD LEPTVIDEVR TGTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL D RIRKLADQ CTGLQGFLVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE FSIYPAPQVS TA VVEPYNS ILTTHTTLEH SDCAFMVDNE AIYDICRRNL DIERPTYTNL NRLISQIVSS ITA SLRFDG ALNVDLTEFQ TNLVPYPRIH FPLATYAPVI SAEKAYHEQL SVAEITNACF EPAN QMVKC DPRHGKYMAC CLLYRGDVVP KDVNAAIATI KTKRSIQFVD WCPTGFKVGI NYQPP TVVP GGDLAKVQRA VCMLSNTTAI AEAWARLDHK FDLMYAKRAF VHWYVGEGME EGEFSE ARE DMAALEKDYE EVGVDSVEGE GEEEGEEY UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain |
-分子 #2: Tubulin beta chain
分子 | 名称: Tubulin beta chain / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: kidney / 組織: kidney |
配列 | 文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLE PGTMDSVRSG PFGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV V RKEAESCD CLQGFQLTHS LGGGTGSGMG TLLISKIREE YPDRIMNTFS ...文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLE PGTMDSVRSG PFGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV V RKEAESCD CLQGFQLTHS LGGGTGSGMG TLLISKIREE YPDRIMNTFS VVPSPKVSDT VV EPYNATL SVHQLVENTD ETYCIDNEAL YDICFRTLKL TTPTYGDLNH LVSATMSGVT TCL RFPGQL NADLRKLAVN MVPFPRLHFF MPGFAPLTSR GSQQYRALTV PELTQQVFDA KNMM AACDP RHGRYLTVAA VFRGRMSMKE VDEQMLNVQN KNSSYFVEWI PNNVKTAVCD IPPRG LKMA VTFIGNSTAI QELFKRISEQ FTAMFRRKAF LHWYTGEGMD EMEFTEAESN MNDLVS EYQ QYQDATAEEE EDFGEEAEEE A UniProtKB: Tubulin beta chain |
-分子 #3: Tubulin polyglutamylase TTLL6
分子 | 名称: Tubulin polyglutamylase TTLL6 / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: GKKKRKKKRL VINLSNCRYD SVRRAAQQYG LREAGDNDDW TLYWTDYSVS LERVMEMKSY QKINHFPGMS EICRKDLLAR NMSRMLKLFP KDFHFFPRTW CLPADWGDLQ TYSRTRKNKT YICKPDSGCQ GRGIFITRSV KEIKPGEDMI CQLYISKPFI IDGFKFDLRV ...文字列: GKKKRKKKRL VINLSNCRYD SVRRAAQQYG LREAGDNDDW TLYWTDYSVS LERVMEMKSY QKINHFPGMS EICRKDLLAR NMSRMLKLFP KDFHFFPRTW CLPADWGDLQ TYSRTRKNKT YICKPDSGCQ GRGIFITRSV KEIKPGEDMI CQLYISKPFI IDGFKFDLRV YVLVTSCDPL RVFVYNEGLA RFATTSYSHP NLDNLDEICM HLTNYSINKH SSNFVQDAFS GSKRKLSTFN SYMKTHGYDV EQIWRGIEDV IIKTLISAHP VIKHNYHTCF PSHTLNSACF EILGFDILLD RKLKPWLLEV NHSPSFSTDS KLDKEVKDSL LYDALVLINL GNCDKKKVLE EERQRGRFLQ QCPNREIRLE EVKGFQAMRL QKTEEYEKKN CGGFRLIYPG LNLEKYDKFF QDNSSLFQNT VASRARELYA RQLIQELRQK QEKKVFLKKA RKA UniProtKB: Tubulin polyglutamylase TTLL6 |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 100 | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 303 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: The sample was blotted with Whatman #5 blotting paper on both sides of the grid for 3 s with a blot offset of -1 using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific) with a chamber set to 30C ...詳細: The sample was blotted with Whatman #5 blotting paper on both sides of the grid for 3 s with a blot offset of -1 using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific) with a chamber set to 30C at 100% humidity and subsequently plunged into liquid ethane.. | ||||||||||||||||||
詳細 | TTLL6 decoration of microtubule was heterogenous |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-39 / 実像数: 2771 / 平均露光時間: 9.75 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 36000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation | ||||||
得られたモデル | PDB-8u3z: |