[日本語] English
万見
- EMDB-40646: CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40646
タイトルCryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3
マップデータ
試料
  • 複合体: therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3
    • タンパク質・ペプチド: Lymphocyte activation gene 3 protein
    • タンパク質・ペプチド: favezelimab Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: favezelimab Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードLymphocyte activation gene 3 protein / favezelimab-LAG3 complex / cryoEM / Single particle reconstruction. / IMMUNOSUPPRESSANT
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of immune response / T cell activation / MHC class II antigen presentation / antigen binding ...plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of immune response / T cell activation / MHC class II antigen presentation / antigen binding / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor family / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Lymphocyte activation gene 3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Mishra AK / Shahid S / Karade SS / Mariuzza RA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)AI144422 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 determined using a bivalent Fab as fiducial marker.
著者: Arjun K Mishra / Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / Pragati Agnihotri / Alexander Kolesnikov / S Saif Hasan / Roy A Mariuzza /
要旨: Lymphocyte activation gene 3 protein (LAG3) is an inhibitory receptor that is upregulated on exhausted T cells in tumors. LAG3 is a major target for cancer immunotherapy with many anti-LAG3 ...Lymphocyte activation gene 3 protein (LAG3) is an inhibitory receptor that is upregulated on exhausted T cells in tumors. LAG3 is a major target for cancer immunotherapy with many anti-LAG3 antibodies in clinical trials. However, there is no structural information on the epitopes recognized by these antibodies. We determined the single-particle cryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to LAG3 to 3.5 Å resolution, revealing that favezelimab targets the LAG3-binding site for MHC class II, its canonical ligand. The small size of the complex between the conventional (monovalent) Fab of favezelimab and LAG3 (∼100 kDa) presented a challenge for cryoEM. Accordingly, we engineered a bivalent version of Fab favezelimab that doubled the size of the Fab-LAG3 complex and conferred a highly identifiable shape to the complex that facilitated particle selection and orientation for image processing. This study establishes bivalent Fabs as new fiducial markers for cryoEM analysis of small proteins.
履歴
登録2023年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_40646.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-1.0148972 - 1.8230857
平均 (標準偏差)-0.00015731175 (±0.02433722)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_40646_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_40646_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3

全体名称: therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3
要素
  • 複合体: therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3
    • タンパク質・ペプチド: Lymphocyte activation gene 3 protein
    • タンパク質・ペプチド: favezelimab Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: favezelimab Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3

超分子名称: therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Lymphocyte activation gene 3 protein

分子名称: Lymphocyte activation gene 3 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.50827 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWEAQFLGLL FLQPLWVAPV KPLQPGAEVP VVWAQEGAPA QLPCSPTIPL QDLSLLRRAG VTWQHQPDSG PPAAAPGHPL APGPHPAAP SSWGPRPRRY TVLSVGPGGL RSGRLPLQPR VQLDERGRQR GDFSLWLRPA RRADAGEYRA AVHLRDRALS C RLRLRLGQ ...文字列:
MWEAQFLGLL FLQPLWVAPV KPLQPGAEVP VVWAQEGAPA QLPCSPTIPL QDLSLLRRAG VTWQHQPDSG PPAAAPGHPL APGPHPAAP SSWGPRPRRY TVLSVGPGGL RSGRLPLQPR VQLDERGRQR GDFSLWLRPA RRADAGEYRA AVHLRDRALS C RLRLRLGQ ASMTASPPGS LRASDWVILN CSFSRPDRPA SVHWFRNRGQ GRVPVRESPH HHLAESFLFL PQVSPMDSGP WG CILTYRD GFNVSIMYNL TVLGLEPPTP LTVYAGAGSR VGLPCRLPAG VGTRSFLTAK WTPPGGGPDL LVTGDNGDFT LRL EDVSQA QAGTYTCHIH LQEQQLNATV TLAIITVTPK SFGSPGSLGK LLCEVTPVSG QERFVWSSLD TPSQRSFSGP WLEA QEAQL LSQPWQCQLY QGERLLGAAV YFTELSSPGA QRSGRAPGAL PAGHLLLFLI LGVLSLLLLV TGAFGFHLWR RQWRP RRFS ALEQGIHPPQ AQSKIEELEQ EPEPEPEPEP EPEPEPEPEQ L

UniProtKB: Lymphocyte activation gene 3 protein

-
分子 #2: favezelimab Fab heavy chain

分子名称: favezelimab Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.245727 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWTWIFLFF LSGTAGVLSE VLLLQSGPEL VKPGTSVKIP CKASGYTFTD YNVDWVKQRH GKGLEWIGDI NPNNGGTIYS QKFKGKATL TVDKSSSTAF MELRSLTSED TAVYFCARNY RWFGAMDHWG QGTSVTVSST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY ...文字列:
MGWTWIFLFF LSGTAGVLSE VLLLQSGPEL VKPGTSVKIP CKASGYTFTD YNVDWVKQRH GKGLEWIGDI NPNNGGTIYS QKFKGKATL TVDKSSSTAF MELRSLTSED TAVYFCARNY RWFGAMDHWG QGTSVTVSST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEPKS CD KTAGWSH PQFEK

-
分子 #3: favezelimab Fab light chain

分子名称: favezelimab Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.915627 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTILLWV LLLWVPGSTG DIVLTQSPAS LAVSPGQRAT ISCKASQSLD YEGDSDMNWY QQKPGQPPRL LISGASNLES GIPARFSGS GSGTDFTVNI HPVEEEDAAT YYCQQSTEDP RTFGGGTKLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA ...文字列:
METDTILLWV LLLWVPGSTG DIVLTQSPAS LAVSPGQRAT ISCKASQSLD YEGDSDMNWY QQKPGQPPRL LISGASNLES GIPARFSGS GSGTDFTVNI HPVEEEDAAT YYCQQSTEDP RTFGGGTKLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA KYQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9508 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 171144
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7tzg


Chain - Chain ID: C / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8so3:
CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る