PDB-3p05: X-ray structure of pentameric HIV-1 CA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p05

タイトル

X-ray structure of pentameric HIV-1 CA

要素

HIV-1 CA

キーワード

VIRAL PROTEIN / capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase ...
類似検索 - 分子機能

Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Pornillos, O.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Atomic-level modelling of the HIV capsid.
著者: Pornillos, O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Yeager, M.

履歴

登録	2010年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p05.cif.gz	204.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p05.ent.gz	164.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p0aC 3h47S 2dik 3gv2 3h4e S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p0a-2 3p0a-3 3p0a-1 3p0a-4 1c7y-1 6y5x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HIV-1 CA

B: HIV-1 CA

C: HIV-1 CA

D: HIV-1 CA

E: HIV-1 CA

ヘテロ分子

129 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.723, 130.308, 81.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

#1: タンパク質	HIV-1 CA 分子量: 25476.283 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 133-363 / 変異: N21C, A22C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: NL4-3 / 遺伝子: CA, gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72497, UniProt: P12497*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 27-30% PEG 4000, 100 mM Tris, 0.2 M sodium iodide, pH 8-9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K PH範囲: 8-9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 43086 / Num. obs: 41160 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.53 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3H47

3h47

解像度: 2.5→32.577 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2662	2083	5.07 %	THIN SHELL
R_work	0.2304	-	-	-
obs	0.2322	41121	97.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.679 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.2214 Å²	-0 Å²	-0.6062 Å²
2-	-	-2.7843 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.4371 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7908	0	10	0	7918

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	8079
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.473	10986
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.798	2999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1426

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	747	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	747	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.125
1	3	C	740	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.116
1	4	D	747	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.091
1	5	E	747	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.105
2	1	B	54	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	54	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.133
2	3	D	44	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.109
3	1	A	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071
3	3	C	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
3	4	D	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
3	5	E	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
4	1	A	139	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	139	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
4	3	C	139	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
4	4	D	139	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073
4	5	E	131	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
5	1	E	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	A	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08
5	3	B	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
5	4	C	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
5	5	D	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
6	1	A	299	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	299	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.088
6	3	C	298	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08
6	4	D	299	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.086
6	5	E	298	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.083
7	1	A	100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	B	100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.124
7	3	C	100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
7	4	D	100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
7	5	E	100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
8	1	A	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	C	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.092
8	3	D	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
8	4	E	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5584	0.298	140	0.2728	2417	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5584-2.6223	0.3289	138	0.2773	2501	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6223-2.6932	0.3526	139	0.2821	2553	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6932-2.7724	0.318	138	0.2789	2554	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7724-2.8619	0.3189	139	0.2744	2578	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8619-2.9641	0.2794	138	0.2691	2581	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9641-3.0827	0.3524	138	0.2614	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0827-3.2229	0.3011	139	0.2561	2608	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2229-3.3926	0.2594	139	0.2422	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3926-3.6049	0.2593	139	0.2186	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6049-3.8828	0.2649	139	0.2202	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8828-4.2728	0.2185	139	0.2066	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2728-4.8893	0.2437	139	0.193	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8893-6.1532	0.2798	139	0.2238	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1532-32.5797	0.2107	140	0.1941	2699	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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