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万見
- PDB-3jd5: Cryo-EM structure of the small subunit of the mammalian mitochond... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jd5
タイトルCryo-EM structure of the small subunit of the mammalian mitochondrial ribosome
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 27
  • 28S ribosomal RNA, mitochondial
  • Aurora kinase A interacting protein 1
  • Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
  • Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
  • unknown
キーワードRIBOSOME / mitoribosome / mammalian 55S mitoribosome / protein synthesis / RNA-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / peptide biosynthetic process / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / peptide biosynthetic process / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation / ribosomal small subunit binding / small ribosomal subunit rRNA binding / kinase activity / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial ...Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS16m ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS40 / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein uS12m / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein uS14m
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Kaushal, P.S. / Sharma, M.R. / Booth, T.M. / Haque, E.M. / Tung, C.S. / Sanbonmatsu, K.Y. / Spremulli, L.L. / Agrawal, R.K.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Cryo-EM structure of the small subunit of the mammalian mitochondrial ribosome.
著者: Prem S Kaushal / Manjuli R Sharma / Timothy M Booth / Emdadul M Haque / Chang-Shung Tung / Karissa Y Sanbonmatsu / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal /
要旨: The mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are responsible for synthesizing 13 membrane proteins that form essential components of the complexes involved in oxidative phosphorylation or ...The mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are responsible for synthesizing 13 membrane proteins that form essential components of the complexes involved in oxidative phosphorylation or ATP generation for the eukaryotic cell. The mammalian 55S mitoribosome contains significantly smaller rRNAs and a large mass of mitochondrial ribosomal proteins (MRPs), including large mito-specific amino acid extensions and insertions in MRPs that are homologous to bacterial ribosomal proteins and an additional 35 mito-specific MRPs. Here we present the cryo-EM structure analysis of the small (28S) subunit (SSU) of the 55S mitoribosome. We find that the mito-specific extensions in homologous MRPs generally are involved in inter-MRP contacts and in contacts with mito-specific MRPs, suggesting a stepwise evolution of the current architecture of the mitoribosome. Although most of the mito-specific MRPs and extensions of homologous MRPs are situated on the peripheral regions, they also contribute significantly to the formation of linings of the mRNA and tRNA paths, suggesting a tailor-made structural organization of the mito-SSU for the recruitment of mito-specific mRNAs, most of which do not possess a 5' leader sequence. In addition, docking of previously published coordinates of the large (39S) subunit (LSU) into the cryo-EM map of the 55S mitoribosome reveals that mito-specific MRPs of both the SSU and LSU are involved directly in the formation of six of the 15 intersubunit bridges.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年7月13日ID: 3J6V
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5941
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 28S ribosomal RNA, mitochondial
B: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
C: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
E: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
F: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
G: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
I: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
J: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
K: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
L: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
N: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
O: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
P: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
Q: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
R: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
U: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
a: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
b: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
c: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
d: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
e: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
f: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
g: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
h: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
i: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
j: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
k: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
m: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
n: Aurora kinase A interacting protein 1
o: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
p: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
s: unknown
z: unknown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,123,25433
ポリマ－1,123,25433
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 BCEFGIJKLNOPQRUabcdefghijkp

#2: タンパク質 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / MRP-S2 / S2mt


分子量: 31775.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82923
#3: タンパク質 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / MRP-S24 / S24mt


分子量: 19111.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q2M2T7
#4: タンパク質 28S ribosomal protein S5, mitochondrial / MRP-S5 / S5mt


分子量: 47956.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q2KID9
#5: タンパク質 28S ribosomal protein S6, mitochondrial / MRP-S6 / S6mt


分子量: 14171.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82931
#6: タンパク質 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / MRP-S7 / S7mt


分子量: 28179.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q3T040
#7: タンパク質 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / MRP-S9 / S9mt


分子量: 45302.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q58DQ5
#8: タンパク質 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / MRP-S10 / S10mt


分子量: 23069.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82670
#9: タンパク質 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / MRP-S11 / S11mt


分子量: 20869.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82911
#10: タンパク質 28S ribosomal protein S12, mitochondrial / MRP-S12 / S12mt


分子量: 15479.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q29RU1
#11: タンパク質 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / MRP-S14 / S14mt


分子量: 15073.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q6B860
#12: タンパク質 28S ribosomal protein S15, mitochondrial


分子量: 29245.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: E1BBB4, UniProt: P82913*PLUS
#13: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / MRP-S16 / S16mt


分子量: 15157.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82915
#14: タンパク質 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / MRP-S17 / S17mt


分子量: 14497.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82916
#15: タンパク質 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / MRP-S18-c / Mrps18-c / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1


分子量: 16240.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82917
#16: タンパク質 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / MRP-S21 / S21mt


分子量: 10697.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82920
#17: タンパク質 28S ribosomal protein S22, mitochondrial / MRP-S22 / S22mt


分子量: 40720.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82649
#18: タンパク質 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / MRP-S23 / S23mt


分子量: 21625.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q2NL27
#19: タンパク質 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / MRP-S25 / S25mt


分子量: 20085.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82669
#20: タンパク質 28S ribosomal protein S26, mitochondrial / MRP-S26 / S26mt


分子量: 23815.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q3SZ86
#21: タンパク質 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRP-S27 / S27mt


分子量: 48017.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q32PI8
#22: タンパク質 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / MRP-S28 / S28mt


分子量: 21077.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82928
#23: タンパク質 28S ribosomal protein S29, mitochondrial / MRP-S29 / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3


分子量: 45634.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82922
#24: タンパク質 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / MRP-S31 / S31mt


分子量: 43740.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82925
#25: タンパク質 28S ribosomal protein S33, mitochondrial / MRP-S33 / S33mt


分子量: 12480.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82926
#26: タンパク質 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / MRP-S34 / S34mt


分子量: 25880.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82929
#27: タンパク質 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / MRP-S28 / S28mt


分子量: 37129.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q2YDF6
#31: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / MRP-S18-b / Mrps18-b / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2


分子量: 29217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: P82918

-
タンパク質 , 3種, 3分子 mno

#28: タンパク質 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1


分子量: 13581.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q2HJE8
#29: タンパク質 Aurora kinase A interacting protein 1


分子量: 22968.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q0VCJ1
#30: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial / 28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39


分子量: 60587.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion / 参照: UniProt: Q2KI62

-
RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 Asz

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA, mitochondial


分子量: 306932.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion
#32: タンパク質・ペプチド unknown


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / Organelle: mitochondrion

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: small subunit of mitochondrial ribosome / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.6, 20 mM MgCl2, 40 mM KCl, 20 mM DTT
pH: 7.6
詳細: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.6, 20 mM MgCl2, 40 mM KCl, 20 mM DTT
試料濃度: 0.86 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 300 mesh Quantifoil holey carbon copper grid, carbon support, glow-discharged in a plasma cleaner
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I). / 手法: flash freezing

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FS / 日付: 2009年10月10日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 倍率（補正後）: 59717 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / カメラ長: 800 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 100 K / 最高温度: 105 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2RELION1.2３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFIND3
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: single particle reconstruction / 解像度: 7 Å / 粒子像の数: 307556 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.17 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.17 Å
詳細: A total of 866553 particle images were picked and subjected to supervised classification. Based on statistical information derived from Relion classification, ~28% of the particles - those ...詳細: A total of 866553 particle images were picked and subjected to supervised classification. Based on statistical information derived from Relion classification, ~28% of the particles - those with low cross-correlation coefficient values with the 55S reference projections - were removed.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--Flexible fitting REFINEMENT PROTOCOL--rigid body
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
15AJ3

5aj3

1
23J9M

3j9m

1
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44063 20256 0 0 64319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00167784
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.30496128
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.02811345
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0038792
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.40139147

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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