PDB-3jbl: Cryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Revea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jbl

タイトル

Cryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Reveals Nucleated Polymerization

要素

NLR family CARD domain-containing protein 4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Inflammasome / NLRC4 / NAIP2

機能・相同性

機能・相同性情報

IPAF inflammasome complex / pyroptotic inflammatory response / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / regulation of apoptotic process / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å

データ登録者

Zhang, L. / Chen, S. / Ruan, J. / Wu, J. / Tong, A.B. / Yin, Q. / Li, Y. / David, L. / Lu, A. / Wang, W.L. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM structure of the activated NAIP2-NLRC4 inflammasome reveals nucleated polymerization.
著者: Liman Zhang / Shuobing Chen / Jianbin Ruan / Jiayi Wu / Alexander B Tong / Qian Yin / Yang Li / Liron David / Alvin Lu / Wei Li Wang / Carolyn Marks / Qi Ouyang / Xinzheng Zhang / Youdong Mao / Hao Wu /

要旨: The NLR family apoptosis inhibitory proteins (NAIPs) bind conserved bacterial ligands, such as the bacterial rod protein PrgJ, and recruit NLR family CARD-containing protein 4 (NLRC4) as the ...

履歴

登録	2015年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月4日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2018年7月18日	Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-10063 (タイトル: Cryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Reveals Nucleated Polymerization Data size: 1.7 TB Data #1: Drift-corrected micrographs of NLRC4/NAIP2 inflammasome [micrographs - single frame] Data #2: Single-particle stacks of NLRC4/NAIP2 inflammasome [picked particles - multiframe - processed])

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (4) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

K: NLR family CARD domain-containing protein 4

A: NLR family CARD domain-containing protein 4

B: NLR family CARD domain-containing protein 4

C: NLR family CARD domain-containing protein 4

D: NLR family CARD domain-containing protein 4

E: NLR family CARD domain-containing protein 4

F: NLR family CARD domain-containing protein 4

G: NLR family CARD domain-containing protein 4

H: NLR family CARD domain-containing protein 4

I: NLR family CARD domain-containing protein 4

J: NLR family CARD domain-containing protein 4

1.17 MDa, 11 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	93 - 1024
2	1	1	chain B	B	93 - 1024
3	1	1	chain C	C	93 - 1024

#1: タンパク質	NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4 / Caspase recruitment domain-containing protein 12 / Ice protease-activating factor / Ipaf 分子量: 106239.711 Da / 分子数: 11 / 断片: UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: RAW 264.7 組織: Abelson murine leukemia virus-induced tumor; Ascites 細胞株: macrophage / 細胞内の位置: cytosol / 遺伝子: Nlrc4, Card12, Ipaf / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): IPLB-SF21-AE / 参照: UniProt: Q3UP24
配列の詳細	COMPLEX COMPRISES TEN NLRC4 SUBUNITS AND ONE NAIP2 SUBUNIT, BUT ELEVEN NLRC4 SUBUNITS HAVE BEEN ...COMPLEX COMPRISES TEN NLRC4 SUBUNITS AND ONE NAIP2 SUBUNIT, BUT ELEVEN NLRC4 SUBUNITS HAVE BEEN MODELED INSTEAD.

#1: タンパク質

NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4 / Caspase recruitment domain-containing protein 12 / Ice protease-activating factor / Ipaf

分子量: 106239.711 Da / 分子数: 11 / 断片: UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: RAW 264.7
組織: Abelson murine leukemia virus-induced tumor; Ascites
細胞株: macrophage / 細胞内の位置: cytosol / 遺伝子: Nlrc4, Card12, Ipaf / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): IPLB-SF21-AE / 参照: UniProt: Q3UP24

配列の詳細

COMPLEX COMPRISES TEN NLRC4 SUBUNITS AND ONE NAIP2 SUBUNIT, BUT ELEVEN NLRC4 SUBUNITS HAVE BEEN ...

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	詳細	Parent-ID	別称
1	NAIP2/NLRC4 inflammasome	COMPLEX	One NAIP2 subunit and ten NLRC subunits	0
2	NLR family CARD domain-containing protein 4			1	NLRC4
3	NLR family, apoptosis inhibitory protein 2			1	NAIP2

分子量

値: 1.8 MDa / 実験値: NO

緩衝液

名称: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT / pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT

試料

濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

詳細: 400 mesh C-flat grid

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 103 K / 湿度: 100 %
詳細: Blotted for one second before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
手法: Blot for one second before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TECNAI ARCTICA / 日付: 2015年4月1日 / 詳細: Tecnai Arctica
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 21000 X / 倍率（補正後）: 28736 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 21,000 times magnification.
試料ホルダ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 温度: 79.5 K / 最高温度: 80 K / 最低温度: 79.5 K
撮影	電子線照射量: 48 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 詳細: 36 frames per exposure, 9 seconds
画像スキャン	デジタル画像の数: 9113
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	EMAN	2	３次元再構成
2	RELION		３次元再構成
3	SPIDER		３次元再構成

CTF補正

詳細: Wiener-type filter

対称性

点対称性: C₁₁ (11回回転対称)

3次元再構成

手法: Maximum likelihood-based projection matching and direct Fourier reconstruction
解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75114 / ピクセルサイズ（公称値）: 0.86 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 0.86 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C11) / 対称性のタイプ: POINT

精密化

解像度: 4.5→199.52 Å / SU ML: 1.71 / σ(F): 0 / 位相誤差: 68.84 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3828	1400	2.08 %
R_work	0.3643	66009	-
obs	0.3647	67409	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 879.99 Å² / B_iso mean: 449.3424 Å² / B_iso min: 42.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.5→199.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	80124	0	0	0	80124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	22269
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	2.048	30072
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.082	3420
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.009	3825
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	14.903	8316

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	13327	ELECTRON MICROSCOPY	5.968	TORSIONAL
1	2	B	13327	ELECTRON MICROSCOPY	5.968	TORSIONAL
1	3	C	13327	ELECTRON MICROSCOPY	5.968	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
4.5002-4.661	0.5295	142	0.5062	6621	6763	100
4.661-4.8476	0.518	140	0.5225	6579	6719	100
4.8476-5.0683	0.5829	142	0.5228	6560	6702	100
5.0683-5.3355	0.5518	144	0.5079	6725	6869	100
5.3355-5.6698	0.518	142	0.5137	6568	6710	100
5.6698-6.1076	0.5064	132	0.523	6601	6733	100
6.1076-6.7223	0.5747	140	0.5114	6600	6740	100
6.7223-7.695	0.5583	139	0.5189	6602	6741	100
7.695-9.6949	0.484	133	0.5	6648	6781	100
9.6949-199.7163	0.2673	146	0.2264	6505	6651	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6483	-0.0148	-0.8161	0.5416	-0.0297	1.0415	-0.0921	-0.276	0.72	0.9179	0.9101	0.1286	-0.4935	-0.9938	6.5976	-2.5344	1.0667	1.4522	0.1975	-0.1915	-0.9965	132.5132	169.9433	227.345
2	0.3392	0.0326	-0.478	1.5798	-1.2532	1.526	0.6714	0.3657	0.8328	-0.1139	0.5351	2.1392	-0.0754	-1.0009	2.5307	0.5722	0.2594	-0.148	0.263	-0.0305	2.5418	118.637	170.0307	203.5637
3	0.9181	0.2885	0.1808	0.1787	0.3733	2.4317	0.0298	0.4883	-0.8154	-0.8225	0.4554	-0.0306	0.4049	-0.5059	4.0627	2.99	0.7196	-0.7107	0.8932	-0.8579	-0.7011	111.4445	163.1167	188.73
4	0.1911	-0.1664	0.1309	0.146	-0.0793	0.4301	0.0726	-0.0603	0.0669	-0.0344	0.0699	0.0441	-0.1325	0.3529	0.365	6.0637	-0.0335	1.0073	5.1455	2.3402	2.823	80.3828	151.5603	199.0583
5	1.7234	0.0019	-0.3198	0.0932	0.0913	0.1618	-0.6597	0.0695	0.3383	0.3025	-0.388	0.2928	-1.4788	-0.1943	-3.3913	4.9577	1.7262	0.7611	0.4565	-1.6619	6.0135	80.3901	165.9284	193.6584
6	0.126	0.2975	-0.4011	1.0725	-2.0759	5.5533	-0.9719	1.7199	-0.6633	-2.5756	0.405	1.392	3.4934	-2.7225	-3.6926	2.8539	0.8536	0.2797	2.4763	-1.1622	6.7763	73.4334	133.8407	181.9303
7	2.0025	-0.0779	1.0425	2.5032	0.8321	2.9082	1.8728	-1.0474	-0.8432	0.3701	2.0521	0.8465	1.2689	-1.2081	8.6719	0.1423	-1.8771	-2.3738	0.8811	-0.9823	-1.2409	149.8426	139.3023	224.396
8	1.0995	-0.3033	0.6773	1.055	0.5591	2.7062	1.0997	-0.106	-0.066	-0.1122	0.7275	-0.4978	0.5305	0.3306	12.2521	-0.5945	0.3504	0.0023	-0.0104	-0.369	-1.2496	145.0594	129.1827	193.6455
9	0.3162	0.0359	-0.0568	0.3453	-0.0561	0.02	0.1391	-0.2367	0.0982	-0.2377	0.2298	-0.0874	0.2291	0.1421	0.0545	6.4229	0.4755	-0.3105	5.9536	2.5419	3.1536	120.6381	97.4671	199.0473
10	0.292	0.2632	0.7413	0.455	1.0189	2.6064	-0.6185	-0.7641	-0.1171	-0.1903	0.1052	0.0364	-3.3111	-1.633	-0.9133	3.7702	1.9239	0.4629	2.8651	-0.3404	6.9541	112.7285	109.4238	193.5763
11	1.2629	-0.1782	-1.2344	0.2979	-0.1887	5.1759	-0.8886	0.9514	-1.2885	-1.2382	-1.5002	0.8583	3.5394	-0.4377	-8.9212	2.1053	-0.3894	-0.6709	2.5812	0.7046	6.8394	123.1591	78.3694	181.2971
12	0.193	0.2951	0.3504	0.6899	0.525	0.6	-0.4429	0.0384	0.4253	-0.0385	-0.1885	0.1685	-0.325	-0.1757	-0.5059	2.7119	-2.0967	0.8536	2.5989	-1.6205	3.9927	145.6359	86.3881	194.985
13	1.0037	-0.2746	-1.0401	1.8342	-0.6804	1.5355	1.3183	0.4426	0.9884	0.2586	0.7069	1.3491	-0.5132	-1.5831	5.9386	0.2489	1.062	-0.4404	-1.8404	0.3888	1.551	129.8424	205.9742	227.3478
14	0.828	0.7506	-0.511	0.7334	-0.6473	0.7004	-0.3837	0.3002	0.1433	-0.4375	0.2161	-0.135	0.6255	-0.2428	0.8902	0.4077	-0.2142	0.2449	0.7177	0.1339	2.9386	118.2045	213.893	203.5326
15	0.6281	0.3144	0.3182	0.3692	0.4759	0.9642	0.4112	0.3158	-0.5241	0.4885	0.6748	-0.5094	0.1433	0.1673	5.507	1.9429	-0.7623	-0.2398	-0.0877	-0.5181	0.6217	108.5282	211.3397	188.9523
16	0.0044	-0.0093	-0.0169	0.02	0.0294	0.0505	-0.0365	-0.0091	0.0019	0.2748	0.0064	-0.396	-0.0308	-0.0344	-0.027	5.9733	-0.4263	2.1794	7.0957	0.7286	3.6409	76.0386	218.8492	199.073
17	0.3511	-0.167	-0.1229	0.1649	-0.0522	0.2599	-0.3391	-0.0893	0.2499	0.4084	-0.5735	0.721	-1.0588	0.2926	-3.2767	3.6369	-2.043	0.2689	-0.1424	-1.1912	5.1897	83.7723	230.8514	193.6022
18	1.3294	0.0095	-1.011	0.4238	-0.4683	2.1729	-0.7435	1.4528	-0.2709	-0.175	0.216	0.6707	-0.3086	-3.2165	-2.004	0.6266	1.6863	-1.7428	1.5936	-0.6972	6.6538	60.5575	207.632	181.9155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	ELECTRON MICROSCOPY	1	(chain A and resid 93:302)	A	93 - 302
2	ELECTRON MICROSCOPY	2	(chain A and resid 303:434)	A	303 - 434
3	ELECTRON MICROSCOPY	3	(chain A and resid 435:523)	A	435 - 523
4	ELECTRON MICROSCOPY	4	(chain A and resid 524:533)	A	524 - 533
5	ELECTRON MICROSCOPY	5	(chain A and resid 534:727)	A	534 - 727
6	ELECTRON MICROSCOPY	6	(chain A and resid 728:1024)	A	728 - 1024
7	ELECTRON MICROSCOPY	7	(chain B and resid 93:351)	B	93 - 351
8	ELECTRON MICROSCOPY	8	(chain B and resid 352:523)	B	352 - 523
9	ELECTRON MICROSCOPY	9	(chain B and resid 524:533)	B	524 - 533
10	ELECTRON MICROSCOPY	10	(chain B and resid 534:727)	B	534 - 727
11	ELECTRON MICROSCOPY	11	(chain B and resid 728:1010)	B	728 - 1010
12	ELECTRON MICROSCOPY	12	(chain B and resid 1011:1024)	B	1011 - 1024
13	ELECTRON MICROSCOPY	13	(chain C and resid 93:302)	C	93 - 302
14	ELECTRON MICROSCOPY	14	(chain C and resid 303:433)	C	303 - 433
15	ELECTRON MICROSCOPY	15	(chain C and resid 434:523)	C	434 - 523
16	ELECTRON MICROSCOPY	16	(chain C and resid 524:533)	C	524 - 533
17	ELECTRON MICROSCOPY	17	(chain C and resid 534:727)	C	534 - 727
18	ELECTRON MICROSCOPY	18	(chain C and resid 728:1024)	C	728 - 1024

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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