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万見
- PDB-3j8c: Model of the human eIF3 PCI-MPN octamer docked into the 43S EM map -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j8c
タイトルModel of the human eIF3 PCI-MPN octamer docked into the 43S EM map
要素(Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ...) x 8
キーワードTRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation ...positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / negative regulation of translational initiation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / positive regulation of translation / translational initiation / PML body / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / fibrillar center / metallopeptidase activity / ribosome binding / ubiquitinyl hydrolase 1 / microtubule / cysteine-type deubiquitinase activity / postsynaptic density / cadherin binding / mRNA binding / synapse / chromatin / nucleolus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / eIF3a, PCI domain, TPR-like region / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å
データ登録者Erzberger, J.P. / Ban, N.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2013
タイトル: Structure of the mammalian ribosomal 43S preinitiation complex bound to the scanning factor DHX29.
著者: Yaser Hashem / Amedee des Georges / Vidya Dhote / Robert Langlois / Hstau Y Liao / Robert A Grassucci / Christopher U T Hellen / Tatyana V Pestova / Joachim Frank /
要旨: Eukaryotic translation initiation begins with assembly of a 43S preinitiation complex. First, methionylated initiator methionine transfer RNA (Met-tRNAi(Met)), eukaryotic initiation factor (eIF) 2, ...Eukaryotic translation initiation begins with assembly of a 43S preinitiation complex. First, methionylated initiator methionine transfer RNA (Met-tRNAi(Met)), eukaryotic initiation factor (eIF) 2, and guanosine triphosphate form a ternary complex (TC). The TC, eIF3, eIF1, and eIF1A cooperatively bind to the 40S subunit, yielding the 43S preinitiation complex, which is ready to attach to messenger RNA (mRNA) and start scanning to the initiation codon. Scanning on structured mRNAs additionally requires DHX29, a DExH-box protein that also binds directly to the 40S subunit. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of the mammalian DHX29-bound 43S complex at 11.6 Å resolution. It reveals that eIF2 interacts with the 40S subunit via its α subunit and supports Met-tRNAi(Met) in an unexpected P/I orientation (eP/I). The structural core of eIF3 resides on the back of the 40S subunit, establishing two principal points of contact, whereas DHX29 binds around helix 16. The structure provides insights into eukaryote-specific aspects of translation, including the mechanism of action of DHX29.
履歴
登録2014年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年10月22日ID: 3J7K
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
Remark 0THIS ENTRY 3J8C CONTAINS A STRUCTURAL MODEL FIT TO AN ELECTRON MICROSCOPY MAP (EMD-5658) DETERMINED ...THIS ENTRY 3J8C CONTAINS A STRUCTURAL MODEL FIT TO AN ELECTRON MICROSCOPY MAP (EMD-5658) DETERMINED ORIGINALLY BY AUTHORS: Y.HASHEM, A.DES-GEORGES, V.DHOTE, R.LANGLOIS, H.Y.LIAO, R.A.GRASSUCCI, C.U.T.HELLEN, T.V.PESTOVA, J.FRANK
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5658
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5658
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
C: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
E: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
F: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
H: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
K: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
L: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
M: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,5328
ポリマ－367,5328
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ... , 8種, 8分子 ACEFHKLM

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 10 / eIF-3-theta / eIF3 p167 / eIF3 p180 ...eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 10 / eIF-3-theta / eIF3 p167 / eIF3 p180 / eIF3 p185


分子量: 61036.340 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14152*PLUS
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 / eIF3 p110


分子量: 62812.340 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99613*PLUS
#3: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / eIF3e / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6 / Viral integration site protein INT-6 ...eIF3e / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6 / Viral integration site protein INT-6 homolog / eIF-3 p48


分子量: 48854.117 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60228*PLUS
#4: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / eIF3f / Deubiquitinating enzyme eIF3f / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 5 / eIF- ...eIF3f / Deubiquitinating enzyme eIF3f / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 5 / eIF-3-epsilon / eIF3 p47


分子量: 32756.850 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00303*PLUS, ubiquitinyl hydrolase 1
#5: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 3 / eIF-3-gamma / eIF3 p40 subunit


分子量: 35125.961 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15372*PLUS
#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / eIF3k / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 12 / Muscle-specific gene M9 protein / ...eIF3k / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 12 / Muscle-specific gene M9 protein / PLAC-24 / eIF-3 p25 / eIF-3 p28


分子量: 23533.061 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBQ5*PLUS
#7: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic ...eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E-interacting protein


分子量: 63008.434 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y262*PLUS
#8: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3m / Fetal lung protein B5 / hFL-B5 / PCI domain-containing protein 1


分子量: 40404.781 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L2H7*PLUS

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詳細

配列の詳細ENTRY CONTAINS EIF3 PROTEINS FROM HOMO SAPIENS FITTED INTO ELECTRON MICROSCOPY DATA DERIVED FROM ...ENTRY CONTAINS EIF3 PROTEINS FROM HOMO SAPIENS FITTED INTO ELECTRON MICROSCOPY DATA DERIVED FROM ORYCTOLAGUS CUNICULUS. EACH PROTEIN CONTAINS RESIDUES THAT COULD BE MODELED, BUT WHOSE EXACT REGISTER IS UNKNOWN. THESE RESIDUES ARE LABELED AS UNK (UNKNOWN RESIDUE).

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29 / タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 20 / 日付: 2012年11月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 110 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm
撮影電子線照射量: 12 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2RELION３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 11.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29000 / Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
14U1D

4u1d

B4U1D1
24U1C

4u1c

C4U1C2
34LCT

4lct

4LCT3
44B4T

4b4t
PDB 未公開エントリ

4B4T4
54O8X

4o8x

A4O8X5
64O8X

4o8x

B4O8X5
71RZ4

1rz4

1RZ46
83CHM

3chm

3CHM7
93J47

3j47

3J478
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12633 0 0 0 12633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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