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万見
- PDB-3j63: Unified assembly mechanism of ASC-dependent inflammasomes -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 3j63
タイトルUnified assembly mechanism of ASC-dependent inflammasomes
要素Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
キーワードAPOPTOSIS / helical polymer / variable twist / death domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome ...Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / macropinocytosis / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of adaptive immune response / NLRP3 inflammasome complex assembly / BMP receptor binding / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / CLEC7A/inflammasome pathway / negative regulation of interferon-beta production / osmosensory signaling pathway / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pattern recognition receptor activity / tropomyosin binding / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of activated T cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of interleukin-10 production / The NLRP3 inflammasome / cellular response to interleukin-1 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of T cell migration / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / activation of innate immune response / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / apoptotic signaling pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein homooligomerization / regulation of protein stability / positive regulation of T cell activation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / azurophil granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / protease binding / secretory granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / microtubule / transmembrane transporter binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein dimerization activity / regulation of autophagy / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / neuronal cell body / apoptotic process / Neutrophil degranulation / nucleolus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. ...CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Lu, A. / Magupalli, V.G. / Ruan, J. / Yin, Q. / Atianand, M.K. / Vos, M. / Schroder, G.F. / Fitzgerald, K.A. / Wu, H. / Egelman, E.H.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Unified polymerization mechanism for the assembly of ASC-dependent inflammasomes.
著者: Alvin Lu / Venkat Giri Magupalli / Jianbin Ruan / Qian Yin / Maninjay K Atianand / Matthijn R Vos / Gunnar F Schröder / Katherine A Fitzgerald / Hao Wu / Edward H Egelman /
要旨: Inflammasomes elicit host defense inside cells by activating caspase-1 for cytokine maturation and cell death. AIM2 and NLRP3 are representative sensor proteins in two major families of inflammasomes. ...Inflammasomes elicit host defense inside cells by activating caspase-1 for cytokine maturation and cell death. AIM2 and NLRP3 are representative sensor proteins in two major families of inflammasomes. The adaptor protein ASC bridges the sensor proteins and caspase-1 to form ternary inflammasome complexes, achieved through pyrin domain (PYD) interactions between sensors and ASC and through caspase activation and recruitment domain (CARD) interactions between ASC and caspase-1. We found that PYD and CARD both form filaments. Activated AIM2 and NLRP3 nucleate PYD filaments of ASC, which, in turn, cluster the CARD of ASC. ASC thus nucleates CARD filaments of caspase-1, leading to proximity-induced activation. Endogenous NLRP3 inflammasome is also filamentous. The cryoelectron microscopy structure of ASC(PYD) filament at near-atomic resolution provides a template for homo- and hetero-PYD/PYD associations, as confirmed by structure-guided mutagenesis. We propose that ASC-dependent inflammasomes in both families share a unified assembly mechanism that involves two successive steps of nucleation-induced polymerization. PAPERFLICK:
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_single_particle_entity / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-5830
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
B: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
C: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
D: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
E: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
F: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
G: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
H: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
I: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
J: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
K: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
L: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
M: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
N: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
O: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,37515
ポリマ－151,37515
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 3 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 1 / Rise per n subunits: 13.95 Å / Rotation per n subunits: 52.9 °)

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要素

#1: タンパク質
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD / hASC / Caspase recruitment domain-containing protein 5 / PYD and CARD domain-containing protein / ...hASC / Caspase recruitment domain-containing protein 5 / PYD and CARD domain-containing protein / Target of methylation-induced silencing 1


分子量: 10091.665 Da / 分子数: 15 / 断片: pyrin domain (UNP residues 1-91) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCARD, ASC, CARD5, TMS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULZ3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: PYD domain from ASC / タイプ: COMPLEX
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: over holes in lacey carbon grids, no support
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年12月20日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
資料ホルダタイプ: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 400
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1DireXモデルフィッティング
2IHRSR３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: images multiplied by CTF
らせん対称回転角度/サブユニット: 52.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 13.95 Å / らせん対称軸の対称性: C3
3次元再構成手法: IHRSR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC / 粒子像の数: 24665 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.08 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.08 Å / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10590 0 0 0 10590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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