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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j4b | ||||||
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タイトル | Structure of T7 gatekeeper protein (gp11) | ||||||
要素 | Tail tubular protein A | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Bacteriophage / DNA ejection / tail complex / gatekeeper | ||||||
機能・相同性 | Tail tubular protein Gp11 / Tail tubular protein / virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / Tail tubular protein gp11 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T7 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å | ||||||
データ登録者 | Cuervo, A. / Pulido-Cid, M. / Chagoyen, M. / Arranz, R. / Gonzalez-Garcia, V.A. / Garcia-Doval, C. / Caston, J.R. / Valpuesta, J.M. / van Raaij, M.J. / Martin-Benito, J. / Carrascosa, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013 タイトル: Structural characterization of the bacteriophage T7 tail machinery. 著者: Ana Cuervo / Mar Pulido-Cid / Mónica Chagoyen / Rocío Arranz / Verónica A González-García / Carmela Garcia-Doval / José R Castón / José M Valpuesta / Mark J van Raaij / Jaime Martín- ...著者: Ana Cuervo / Mar Pulido-Cid / Mónica Chagoyen / Rocío Arranz / Verónica A González-García / Carmela Garcia-Doval / José R Castón / José M Valpuesta / Mark J van Raaij / Jaime Martín-Benito / José L Carrascosa / 要旨: Most bacterial viruses need a specialized machinery, called "tail," to inject their genomes inside the bacterial cytoplasm without disrupting the cellular integrity. Bacteriophage T7 is a well ...Most bacterial viruses need a specialized machinery, called "tail," to inject their genomes inside the bacterial cytoplasm without disrupting the cellular integrity. Bacteriophage T7 is a well characterized member of the Podoviridae family infecting Escherichia coli, and it has a short noncontractile tail that assembles sequentially on the viral head after DNA packaging. The T7 tail is a complex of around 2.7 MDa composed of at least four proteins as follows: the connector (gene product 8, gp8), the tail tubular proteins gp11 and gp12, and the fibers (gp17). Using cryo-electron microscopy and single particle image reconstruction techniques, we have determined the precise topology of the tail proteins by comparing the structure of the T7 tail extracted from viruses and a complex formed by recombinant gp8, gp11, and gp12 proteins. Furthermore, the order of assembly of the structural components within the complex was deduced from interaction assays with cloned and purified tail proteins. The existence of common folds among similar tail proteins allowed us to obtain pseudo-atomic threaded models of gp8 (connector) and gp11 (gatekeeper) proteins, which were docked into the corresponding cryo-EM volumes of the tail complex. This pseudo-atomic model of the connector-gatekeeper interaction revealed the existence of a common molecular architecture among viruses belonging to the three tailed bacteriophage families, strongly suggesting that a common molecular mechanism has been favored during evolution to coordinate the transition between DNA packaging and tail assembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j4b.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j4b.ent.gz | 39.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j4b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/3j4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/3j4b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20937.119 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 13-196 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 遺伝子: 11 / プラスミド: pRSET-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P03746 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11 and gp12 タイプ: VIRUS / 詳細: gp8 (12mer), gp11 (12mer), gp12 (6mer) |
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分子量 | 値: 1.5 MDa / 実験値: NO |
ウイルスについての詳細 | ホストのカテゴリ: BACTERIA / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Escherichia coli |
緩衝液 | 名称: 50 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl2, 100 mM NaCl / pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl2, 100 mM NaCl |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: R2/2 Quantifoil coated with a thin carbon layer |
急速凍結 | 装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE 詳細: Samples were applied to grids for 1 minute, blotted and plunged into liquid ethane (LEICA EM CPC). 手法: Samples were applied to grids for 1 minute, blotted and plunged into liquid ethane. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年11月8日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 108696 X / 倍率(補正後): 108696 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.26 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 最高温度: 113 K / 最低温度: 91 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 264 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: each micrograph | |||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C12 (12回回転対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Cross-common lines / 解像度: 12 Å / 解像度の算出法: FSC / 粒子像の数: 1820 / ピクセルサイズ(公称値): 2.75 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.75 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C6) / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Volumetric correlation 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--One monomer was manually fitted and then the oligomer was generated using SITUS program | |||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1VT0 1vt0 Accession code: 1VT0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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