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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j25 | ||||||
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タイトル | Structural basis for TetM-mediated tetracycline resistance | ||||||
要素 | Tetracycline resistance protein tetM | ||||||
キーワード | TRANSLATION / antibiotic resistance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | ||||||
データ登録者 | Doenhoefer, A. / Franckenberg, S. / Wickles, S. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. / Wilson, D.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012 タイトル: Structural basis for TetM-mediated tetracycline resistance. 著者: Alexandra Dönhöfer / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Daniel N Wilson / 要旨: Ribosome protection proteins (RPPs) confer tetracycline resistance by binding to the ribosome and chasing the drug from its binding site. The current model for the mechanism of action of RPPs ...Ribosome protection proteins (RPPs) confer tetracycline resistance by binding to the ribosome and chasing the drug from its binding site. The current model for the mechanism of action of RPPs proposes that drug release is indirect and achieved via conformational changes within the drug-binding site induced upon binding of the RPP to the ribosome. Here we report a cryo-EM structure of the RPP TetM in complex with the 70S ribosome at 7.2-Å resolution. The structure reveals the contacts of TetM with the ribosome, including interaction between the conserved and functionally critical C-terminal extension of TetM and the decoding center of the small subunit. Moreover, we observe direct interaction between domain IV of TetM and the tetracycline binding site and identify residues critical for conferring tetracycline resistance. A model is presented whereby TetM directly dislodges tetracycline to confer resistance. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j25.cif.gz | 105.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j25.ent.gz | 63.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j25.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j25_validation.pdf.gz | 925.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j25_full_validation.pdf.gz | 970.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j25_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j25_validation.cif.gz | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/3j25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/3j25 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72439.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: tetM, transposon TnFO1 / プラスミド: pET-46 EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47810 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GCP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: 20mM HEPES-KOH, pH 7.8, 30 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2 / pH: 7.8 / 詳細: 20mM HEPES-KOH, pH 7.8, 30 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: liquid ethane / Vitrobot Mark IV |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年7月1日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: The volumes were CTF-corrected in defocus groups | |||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: back-projection interpolated in Fourier space / 解像度: 7.2 Å / 粒子像の数: 52701 / ピクセルサイズ(公称値): 1.04 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.04 Å 詳細: a modified version of SPIDER program was used for the reconstruction 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--Local refinement, Flexible fitting REFINEMENT PROTOCOL--rigid body | |||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2WRI 2wri Accession code: 2WRI / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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