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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j06 | ||||||
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タイトル | CryoEM Helical Reconstruction of TMV | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / RNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ge, P. / Zhou, Z.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011 タイトル: Hydrogen-bonding networks and RNA bases revealed by cryo electron microscopy suggest a triggering mechanism for calcium switches. 著者: Peng Ge / Z Hong Zhou / 要旨: Helical assemblies such as filamentous viruses, flagella, and F-actin represent an important category of structures in biology. As the first discovered virus, tobacco mosaic virus (TMV) was at the ...Helical assemblies such as filamentous viruses, flagella, and F-actin represent an important category of structures in biology. As the first discovered virus, tobacco mosaic virus (TMV) was at the center of virus research. Previously, the structure of TMV was solved at atomic detail by X-ray fiber diffraction but only for its dormant or high-calcium-concentration state, not its low-calcium-concentration state, which is relevant to viral assembly and disassembly inside host cells. Here we report a helical reconstruction of TMV in its calcium-free, metastable assembling state at 3.3 Å resolution by cryo electron microscopy, revealing both protein side chains and RNA bases. An atomic model was built de novo showing marked differences from the high-calcium, dormant-state structure. Although it could be argued that there might be inaccuracies in the latter structure derived from X-ray fiber diffraction, these differences can be interpreted as conformational changes effected by calcium-driven switches, a common regulatory mechanism in plant viruses. Our comparisons of the structures of the low- and high-calcium states indicate that hydrogen bonds formed by Asp116 and Arg92 in the place of the calcium ion of the dormant (high-calcium) state might trigger allosteric changes in the RNA base-binding pockets of the coat protein. In turn, the coat protein-RNA interactions in our structure favor an adenine-X-guanine (A*G) motif over the G*A motif of the dormant state, thus offering an explanation underlying viral assembly initiation by an AAG motif. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j06.cif.gz | 43 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j06.ent.gz | 29.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j06.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j06_validation.pdf.gz | 781.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j06_full_validation.pdf.gz | 798.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j06_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j06_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/3j06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/3j06 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 49
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3 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 1.408 Å / Rotation per n subunits: 22.035 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17636.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (ウイルス) / 株: vulgare / 参照: UniProt: P69687 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 935.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: viral RNA / 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (ウイルス) / 株: vulgare |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tobacco Mosaic Virus (Vulgare) / タイプ: VIRUS / 詳細: 49 coat proteins in 3 turn right hand helix |
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分子量 | 値: 37.8 MDa / 実験値: NO |
ウイルスについての詳細 | ホストのカテゴリ: PLANTAE (HIGHER PLANTS) / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Nicotiana tabacum |
緩衝液 | 名称: Tris-buffered saline / pH: 7.4 / 詳細: 10 mM Tris, 130 mM sodium chloride |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 10 mM Tris, 130 mM sodium chloride |
試料支持 | 詳細: 400 mesh Quantifoil 1.3/1.2 micro-meter |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 93 K / 湿度: 100 % / 詳細: 2 uL sample 手法: 10 second wait time, 1-2 second blot time, 1-2 second drain time, blot force 1 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2009年6月19日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM / Electron beam tilt params: 0 |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 73000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 250000x magnification カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / 資料ホルダタイプ: Eucentric / 温度: 90 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 386 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: EMAN / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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EMソフトウェア |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 22.035 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.407 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: IHRSR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ピクセルサイズ(公称値): 0.847 Å / ピクセルサイズ(実測値): 0.869 Å / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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