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万見
- PDB-3foh: Fitting of gp18M crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3foh
タイトルFitting of gp18M crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 extended tail
要素Tail sheath protein Gp18
キーワードVIRAL PROTEIN / Alpha-beta / viral structural protein / bacteriophage T4 / tail sheath
機能・相同性virus tail, sheath / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Tail sheath protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15 Å
データ登録者Aksyuk, A.A. / Leiman, P.G. / Kurochkina, L.P. / Shneider, M.M. / Kostyuchenko, V.A. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2009
タイトル: The tail sheath structure of bacteriophage T4: a molecular machine for infecting bacteria.
著者: Anastasia A Aksyuk / Petr G Leiman / Lidia P Kurochkina / Mikhail M Shneider / Victor A Kostyuchenko / Vadim V Mesyanzhinov / Michael G Rossmann /
要旨: The contractile tail of bacteriophage T4 is a molecular machine that facilitates very high viral infection efficiency. Its major component is a tail sheath, which contracts during infection to less ...The contractile tail of bacteriophage T4 is a molecular machine that facilitates very high viral infection efficiency. Its major component is a tail sheath, which contracts during infection to less than half of its initial length. The sheath consists of 138 copies of the tail sheath protein, gene product (gp) 18, which surrounds the central non-contractile tail tube. The contraction of the sheath drives the tail tube through the outer membrane, creating a channel for the viral genome delivery. A crystal structure of about three quarters of gp18 has been determined and was fitted into cryo-electron microscopy reconstructions of the tail sheath before and after contraction. It was shown that during contraction, gp18 subunits slide over each other with no apparent change in their structure.
履歴
登録2008年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Refinement description
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42019年11月6日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: atom_sites / cell / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1126
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tail sheath protein Gp18
B: Tail sheath protein Gp18
C: Tail sheath protein Gp18
D: Tail sheath protein Gp18
E: Tail sheath protein Gp18
F: Tail sheath protein Gp18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,8766
ポリマ－327,8766
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Tail sheath protein Gp18


分子量: 54645.965 Da / 分子数: 6 / 断片: deletion mutant gp18M: UNP Residues 1-510 / 変異: R510P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 18, GB AAA32541 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13332
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE COMPLETELY AGREES WITH THE GENBANK ENTRY AAA32541, PUBMED REPORT ...AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE COMPLETELY AGREES WITH THE GENBANK ENTRY AAA32541, PUBMED REPORT 2964531. THE SEQUENCE DIFFERENCES MAY REFLECT THE SEQUENCE VARIATION BETWEEN THE VIRUS STRAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID詳細
1bacteriophage T4 extended tailVIRUS0
2one disk of the tail sheath in the extended conformation1Six molecules of gp18 in the extended conformation of the tail sheath. 23 disks form the whole tail. The assembly occurs only in presence of other bacteriophage proteins.
緩衝液pH: 7 / 詳細: H2O
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/ST / 日付: 2003年1月10日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1SITUS COLORESモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成SPIDER-like
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 15 Å / 粒子像の数: 3029 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 3FOA

3foa


Accession code: 3FOA / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21678 0 0 0 21678

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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