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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3znp | ||||||
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タイトル | IN VITRO AND IN VIVO INHIBITION OF HUMAN D-AMINO ACID OXIDASE: REGULATION OF D-SERINE CONCENTRATION IN THE BRAIN | ||||||
![]() | D-AMINO-ACID OXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SMALL MOLECULE INHIBITION / NEUROTRANSMISSION | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone ...D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / Peroxisomal protein import / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hopkins, S.C. / Heffernan, M.L.R. / Saraswat, L.D. / Bowen, C.A. / Melnick, L. / Hardy, L.W. / Orsini, M.A. / Allen, M.S. / Koch, P. / Spear, K.L. ...Hopkins, S.C. / Heffernan, M.L.R. / Saraswat, L.D. / Bowen, C.A. / Melnick, L. / Hardy, L.W. / Orsini, M.A. / Allen, M.S. / Koch, P. / Spear, K.L. / Foglesong, R.J. / Soukri, M. / Chytil, M. / Fang, Q.K. / Jones, S.W. / Varney, M.A. / Panatier, A. / Oliet, S.H.R. / Pollegioni, L. / Piubelli, L. / Molla, G. / Nardini, M. / Large, T.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural, Kinetic, and Pharmacodynamic Mechanisms of D-Amino Acid Oxidase Inhibition by Small Molecules. 著者: Hopkins, S.C. / Heffernan, M.L.R. / Saraswat, L.D. / Bowen, C.A. / Melnick, L. / Hardy, L.W. / Orsini, M.A. / Allen, M.S. / Koch, P. / Spear, K.L. / Foglesong, R.J. / Soukri, M. / Chytil, M. ...著者: Hopkins, S.C. / Heffernan, M.L.R. / Saraswat, L.D. / Bowen, C.A. / Melnick, L. / Hardy, L.W. / Orsini, M.A. / Allen, M.S. / Koch, P. / Spear, K.L. / Foglesong, R.J. / Soukri, M. / Chytil, M. / Fang, Q.K. / Jones, S.W. / Varney, M.A. / Panatier, A. / Oliet, S.H.R. / Pollegioni, L. / Piubelli, L. / Molla, G. / Nardini, M. / Large, T.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 305.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 250.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 952.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 983.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39520.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SE2 / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→47.66 Å / Num. obs: 30588 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.27 % / Biso Wilson estimate: 67.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.27 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2DU8 解像度: 2.4→34.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9329 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8818 / SU R Cruickshank DPI: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.503 / SU Rfree Blow DPI: 0.318 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.323 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. POOR DENSITY IS PRESENT FOR RESIDUES A28, A29, A30, A31, A297, A298, A299, A300, A301, A302, A303, A335, A336, A337, A338, A339, A340, B24, ...詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. POOR DENSITY IS PRESENT FOR RESIDUES A28, A29, A30, A31, A297, A298, A299, A300, A301, A302, A303, A335, A336, A337, A338, A339, A340, B24, B25, B26, B27, B28, B29, B30, B31, B32, B55, B56, B57, B58, B59, B60, B61, B62, B85, B117, B123, B128, B129, B166, B167, B168, B188, B189, B190, B191, B192, B193, B194, B195, B196, B220, B221, B222, B223, B224, B253, B254, B255, B256, B260, B261, B295, B296, B297, B298, B299, B300, B301, B302, B303, B335, B336, B337, B338, B339, B340. FINAL STRUCTURE HAS NO RESIDUES IN THE DISALLOWED REGION OF THE RAMACHANDRAN PLOT AS DEFINED IN THE CCP4 PROCHECK PROGRAM.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 88.17 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.582 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.48 Å / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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