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- PDB-3v4j: First-In-Class Small Molecule Inhibitors of the Single-strand DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4j
タイトルFirst-In-Class Small Molecule Inhibitors of the Single-strand DNA Cytosine Deaminase APOBEC3G
要素DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
キーワードHYDROLASE / APOBEC3G / ANTIVIRAL DEFENSE / HOST-VIRUS INTERACTION / METAL-BINDING / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of viral process / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of viral process / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / transposable element silencing / negative regulation of viral genome replication / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / positive regulation of defense response to virus by host / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like C-terminal domain / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[methyl(nitroso)amino]benzene-1,2-diol / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Shandilya, S.M.D. / Ali, A. / Schiffer, C.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / : 2012
タイトル: First-In-Class Small Molecule Inhibitors of the Single-Strand DNA Cytosine Deaminase APOBEC3G.
著者: Li, M. / Shandilya, S.M. / Carpenter, M.A. / Rathore, A. / Brown, W.L. / Perkins, A.L. / Harki, D.A. / Solberg, J. / Hook, D.J. / Pandey, K.K. / Parniak, M.A. / Johnson, J.R. / Krogan, N.J. / ...著者: Li, M. / Shandilya, S.M. / Carpenter, M.A. / Rathore, A. / Brown, W.L. / Perkins, A.L. / Harki, D.A. / Solberg, J. / Hook, D.J. / Pandey, K.K. / Parniak, M.A. / Johnson, J.R. / Krogan, N.J. / Somasundaran, M. / Ali, A. / Schiffer, C.A. / Harris, R.S.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7748
ポリマ-48,1762
非ポリマー5986
2,774154
1
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3874
ポリマ-24,0881
非ポリマー2993
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3874
ポリマ-24,0881
非ポリマー2993
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子

B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7748
ポリマ-48,1762
非ポリマー5986
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
Buried area1600 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.080, 67.764, 64.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G / APOBEC-related cytidine deaminase / APOBEC-related protein / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP- ...APOBEC-related cytidine deaminase / APOBEC-related protein / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15


分子量: 24088.059 Da / 分子数: 2 / 断片: C-Terminal Domain / 変異: L234K, C243A, F310K, C321A, C356A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3G, MDS019 / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus (RIL)
参照: UniProt: Q9HC16, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-PQR / 4-[methyl(nitroso)amino]benzene-1,2-diol / Methyl-3,4-dephostatin / 3,4-デホスタチン


分子量: 168.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C7H8N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 10% PEG 4000, 0.1M Magnesium Chloride, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月1日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→61.53 Å / Num. obs: 26971 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.04-2.114.90.539194.3
2.11-2.250.365195
2.2-2.350.29195.6
2.3-2.4250.199195.7
2.42-2.5750.147196.4
2.57-2.7750.109196.9
2.77-3.0550.08197.4
3.05-3.4950.061198.1
3.49-4.3950.051198.4
4.39-504.90.039197.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 34.95 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.01 Å
Translation2.5 Å28.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.6.0081精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IR2
解像度: 2.04→28.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.199 / SU ML: 0.166 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27569 1329 4.9 %RANDOM
Rwork0.22825 ---
obs0.23064 25587 96.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.441 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å2-0.71 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→28.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2874 0 28 154 3056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.924127
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.23234709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.135373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36423.061147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.57315416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5051517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.037→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 86 -
Rwork0.274 1698 -
obs--89.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.0227-0.2628-0.12453.1167-1.49510.72330.0665-0.754-0.08130.8414-0.01590.0273-0.40460.0049-0.05060.42540.0757-0.01450.43180.01670.1796-24.4936-21.352921.4621
23.35120.02062.48393.5124-1.99669.37610.0045-0.24640.23410.331-0.07050.2237-0.361-0.39190.0660.2628-0.00110.05010.262-0.03630.2584-24.7718-11.774215.8835
36.8592-0.98710.8582.51071.80011.9454-0.1227-0.32920.3846-0.06040.20060.0568-0.258-0.0448-0.07780.34130.00650.03860.29860.0180.2927-20.6606-4.895217.9217
43.0398-2.5718-2.15229.94187.32127.2736-0.12450.0728-0.24980.0176-0.04230.06990.09070.06080.16670.2169-0.00920.01790.24820.04170.2421-13.1633-27.36627.7504
55.21622.14335.49777.0763-2.740813.8898-0.1250.391-0.1957-0.68960.16090.25350.8162-0.1434-0.03590.33770.033-0.00220.3609-0.02870.3721-13.8452-33.6204-0.897
62.48393.55690.980226.259111.40275.14170.0155-0.0053-0.26270.2136-0.27230.47270.1645-0.20170.25670.3353-0.0096-0.03790.33540.05670.3074-14.4066-25.306916.2037
711.74522.27533.49248.29763.94479.1156-0.47890.03330.861-0.40590.2221-0.0805-0.93920.15710.25680.32140.0219-0.04620.2903-0.00270.2597-3.6501-9.876528.5256
84.4123-4.0167-0.49134.939-0.72511.1312-0.1349-0.1810.14980.20230.085-0.2755-0.10180.07990.050.2812-0.04520.00630.384-0.04420.2868-5.5579-14.001618.0382
90.01560.34020.166815.5537.06283.37-0.0268-0.01690.02370.8568-0.0522-0.32910.45830.13620.07910.39570.11880.05770.41530.10220.412-4.4396-25.018714.4632
107.0403-6.1838-0.826310.8251.65723.5157-0.06690.1663-0.1757-0.1860.0787-0.16610.20190.2035-0.01170.2418-0.01430.04410.2723-0.00730.2954-5.8879-30.10883.6921
112.7744-0.1993-0.24381.10760.67041.7660.02070.03480.2493-0.16110.0378-0.1903-0.12710.2066-0.05840.232-0.00050.00050.25960.00280.2467-10.9246-10.757311.1488
121.8896-0.74081.15697.74481.12621.9032-0.0865-0.03840.02090.05080.1558-0.37960.01980.2533-0.06930.19480.00210.04750.34190.02040.2854-1.5783-20.10655.0126
139.1268-6.4071-4.181414.06935.79956.7483-0.0450.4452-0.3383-0.4153-0.1285-0.10760.28170.04670.17350.20310.01090.00310.25940.03890.2444-16.2791-15.48635.3638
147.21473.19380.290110.55586.82874.9308-0.02050.13351.4727-0.4325-0.04070.5315-0.3445-0.09720.06110.5311-0.1086-0.13060.53030.0990.5974-11.36-1.954510.4754
150.89140.36480.74810.76692.783310.59290.0696-0.0122-0.0504-0.0872-0.0096-0.0476-0.3571-0.1203-0.060.1495-0.0040.04810.1434-0.0010.212-5.9322-4.73093.7437
161.8045-2.175-0.63745.0233.57643.53040.16390.3158-0.126-0.17270.0216-0.1138-0.09340.2711-0.18550.23430.0080.0370.2953-0.00270.3072-8.5819-13.45880.4517
174.04121.1682-0.74334.2017-0.38475.6046-0.0229-0.1501-0.36130.2722-0.0360.35220.4135-0.27460.05880.2017-0.01840.01020.2357-0.02460.2628-27.3464-21.841911.4106
184.3933-0.97840.767914.9742-3.30189.3703-0.0367-0.1956-0.09330.516-0.01240.7676-0.2532-0.5940.04910.18250.0377-0.01310.2651-0.04780.2534-31.3102-10.02677.7659
1916.80218.8957-10.033422.3722-0.841211.35830.06020.52910.067-0.5522-0.08970.0352-0.1933-0.51440.02950.26980.0409-0.04310.2880.02790.1957-23.056-5.78261.1674
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333.01375.1092-2.509311.8541-10.61615.72060.2440.09730.10860.25580.04390.0651-0.30830.5228-0.28790.32750.01580.12020.3631-0.05590.387-15.6223-9.3857-22.3158
343.4151-1.21850.88187.72291.3813.4789-0.00880.25450.1899-0.23880.0169-0.5768-0.12020.1575-0.00810.2340.0448-0.01240.29820.00420.2046-25.0541-21.3132-14.448
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A196 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2A201 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3A210 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4A219 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5A229 - 235
6X-RAY DIFFRACTION6A236 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7A245 - 254
8X-RAY DIFFRACTION8A255 - 260
9X-RAY DIFFRACTION9A261 - 269
10X-RAY DIFFRACTION10A270 - 281
11X-RAY DIFFRACTION11A282 - 291
12X-RAY DIFFRACTION12A292 - 307
13X-RAY DIFFRACTION13A308 - 313
14X-RAY DIFFRACTION14A314 - 319
15X-RAY DIFFRACTION15A320 - 326
16X-RAY DIFFRACTION16A327 - 337
17X-RAY DIFFRACTION17A338 - 358
18X-RAY DIFFRACTION18A359 - 367
19X-RAY DIFFRACTION19A368 - 373
20X-RAY DIFFRACTION20A374 - 379
21X-RAY DIFFRACTION21B196 - 206
22X-RAY DIFFRACTION22B207 - 211
23X-RAY DIFFRACTION23B212 - 224
24X-RAY DIFFRACTION24B225 - 230
25X-RAY DIFFRACTION25B231 - 235
26X-RAY DIFFRACTION26B236 - 243
27X-RAY DIFFRACTION27B244 - 252
28X-RAY DIFFRACTION28B253 - 262
29X-RAY DIFFRACTION29B263 - 268
30X-RAY DIFFRACTION30B269 - 288
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32X-RAY DIFFRACTION32B295 - 301
33X-RAY DIFFRACTION33B302 - 308
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35X-RAY DIFFRACTION35B315 - 320
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38X-RAY DIFFRACTION38B342 - 358
39X-RAY DIFFRACTION39B359 - 366
40X-RAY DIFFRACTION40B367 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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