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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v1x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2-methylisoborneol synthase from Streptomyces coelicolor A3(2) in complex with Mg2+ and 2-fluorogeranyl diphosphate | ||||||
![]() | 2-methylisoborneol synthase | ||||||
![]() | LYASE / class I terpenoid cyclase fold / DDXXXXD motif / NDXXSXXXE motif / 2-methylisoborneol biosynthesis / Biosynthesis of 2-methylisoborneol | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-methylisoborneol synthase / terpene metabolic process / terpene synthase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koksal, M. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of 2-Methylisoborneol Synthase from Streptomyces coelicolor and Implications for the Cyclization of a Noncanonical C-Methylated Monoterpenoid Substrate. 著者: Koksal, M. / Chou, W.K. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 720.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 722.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50144.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A3(2) / 遺伝子: SC1A4.08, SCBAC12C8.01, SCO7700 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9F1Y6, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-0FV / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.8 M Succinic acid pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 38813 / Num. obs: 37222 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3531 / Rsym value: 0.849 / % possible all: 93.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3V1V 解像度: 1.955→46.381 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.325 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.955→46.381 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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