PDB-3v1s: Scaffold tailoring by a newly detected Pictet-Spenglerase ac-tivi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v1s

タイトル

Scaffold tailoring by a newly detected Pictet-Spenglerase ac-tivity of strictosidine synthase (STR1): from the common tryp-toline skeleton to the rare piperazino-indole framework

要素

Strictosidine synthase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Strictosidine synthase / Alkaloid biosynthesis /

Strictosidine synthase family

機能・相同性

機能・相同性情報

strictosidine synthase /

strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process /

液胞 / biosynthetic process /

細胞内膜系 /

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rauvolfia serpentina (インドジャボク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.328 Å

データ登録者

Wu, F. / Zhu, H. / Sun, L. / Rajendran, C. / Wang, M. / Ren, X. / Panjikar, S. / Cherkasov, A. / Zou, H. / Stoeckigt, J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Scaffold Tailoring by a Newly Detected Pictet-Spenglerase Activity of Strictosidine Synthase: From the Common Tryptoline Skeleton to the Rare Piperazino-indole Framework
著者: Wu, F. / Zhu, H. / Sun, L. / Rajendran, C. / Wang, M. / Ren, X. / Panjikar, S. / Cherkasov, A. / Zou, H. / Stockigt, J.

履歴

登録	2011年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v1s.cif.gz	257.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v1s.ent.gz	209.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v91S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ch8-2 3qdz-2 3g4h-3 3pmb-2 2fpb-1 2v91-1 3kst-1 3p70-4 4gn7-1 4imb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Strictosidine synthase

B: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.976, 150.976, 121.471
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Strictosidine synthase / 分子量: 35765.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (インドジャボク) 遺伝子: STR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68175, strictosidine synthase
#2: 化合物	ChemComp-0LH / 2-(1H-indol-1-yl)ethanamine / 1H-インド-ル1-エタンアミン分子量: 160.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.98 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→44.5 Å / Num. obs: 44907 / % possible obs: 99.64 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V91

2v91

解像度: 2.328→44.496 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8295 / SU ML: 0.71 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2296	2204	5 %	random
R_work	0.1847	-	-	-
obs	0.1869	44082	99.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.021 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.07 Å² / B_iso mean: 51.6125 Å² / B_iso min: 17.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2427 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2427 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.4854 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.328→44.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4764	0	24	252	5040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4922
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.109	6692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	868
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.524	1756

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3279-2.3785	0.3996	134	0.3648	2549	2683	97
2.3785-2.4338	0.3787	138	0.3083	2618	2756	99
2.4338-2.4947	0.3269	137	0.288	2605	2742	100
2.4947-2.5621	0.3252	138	0.2695	2622	2760	100
2.5621-2.6375	0.3409	138	0.2488	2611	2749	100
2.6375-2.7226	0.2984	139	0.2442	2638	2777	100
2.7226-2.8199	0.2997	138	0.2235	2627	2765	100
2.8199-2.9328	0.2819	137	0.2191	2604	2741	100
2.9328-3.0662	0.2501	138	0.1976	2625	2763	100
3.0662-3.2279	0.2139	139	0.1787	2632	2771	100
3.2279-3.43	0.2575	138	0.1639	2622	2760	100
3.43-3.6947	0.196	138	0.1579	2623	2761	100
3.6947-4.0663	0.1923	138	0.1429	2626	2764	100
4.0663-4.6542	0.1516	137	0.1214	2606	2743	100
4.6542-5.8617	0.1824	139	0.1455	2639	2778	100
5.8617-44.5043	0.1877	138	0.1734	2631	2769	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8717	-0.6266	0.9151	1.353	-0.6055	2.4698	0.0416	-0.1543	0.0341	0.0575	0.0071	0.0953	0.3593	-0.453	-0.0157	0.247	-0.1072	0.0038	0.33	0.0337	0.2576	9.4669	35.2426	10.7797
2	1.2156	-0.4334	-0.3153	1.0777	-0.3524	3.2528	0.0905	-0.0238	-0.1086	0.0794	-0.0896	-0.1291	0.7011	0.3157	0.0011	0.3258	0.0518	-0.0281	0.1979	0.0038	0.2319	26.0326	31.5685	2.4114
3	2.2387	-0.5363	-0.6447	1.1166	-0.4402	3.6203	0.1397	0.1795	0.0664	-0.0548	-0.0619	-0.032	0.1722	-0.0066	-0.0403	0.218	0.0151	-0.0076	0.2007	0.0176	0.201	19.4123	41.1076	-11.2389
4	2.4817	-0.3695	-0.8994	3.2221	-0.2049	2.9436	0.2759	0.2672	-0.1443	-0.2162	-0.0492	-0.1668	0.0597	-0.4995	-0.0337	0.2317	-0.0276	-0.0398	0.334	0.0131	0.2279	7.6347	39.9404	-2.4644
5	1.8657	-1.1042	-0.4422	0.9578	-0.6841	4.153	-0.1242	-0.1501	-0.1475	0.3259	-0.1025	-0.2205	-0.4325	-0.2361	0.0581	0.299	-0.0642	-0.043	0.5068	0.0323	0.2855	-7.6987	50.1168	10.1314
6	0.6086	0.3523	-0.8255	2.2949	-0.5003	1.0572	-0.036	0.4768	-0.1411	0.4121	0.2676	0.015	-0.0714	-0.1959	-0.1978	0.4572	-0.0967	-0.0348	0.7034	0.1479	0.3646	-7.2638	44.8439	20.7642
7	2.0233	-1.2586	0.625	2.3947	-0.8742	2.4737	-0.5171	-0.6409	-0.1419	1.1363	0.6983	0.3975	-1.1722	-0.9734	-0.0913	0.7269	0.2616	0.0666	0.7319	0.1225	0.3681	-21.1127	54.2209	19.4942
8	2.7893	-0.7813	1.5248	1.9132	-0.8242	3.6589	-0.5183	-1.1189	-0.5826	0.9466	0.8722	0.3391	-0.8616	-1.7571	-0.1158	0.7391	0.3369	0.1656	0.9632	0.2569	0.5462	-31.5935	55.1298	16.515
9	1.6114	-0.6004	-0.2668	1.6492	0.0378	2.5735	-0.1643	-0.5719	-0.0411	0.0865	0.3147	0.9351	-1.0706	-1.0385	-0.1442	0.5138	0.2802	-0.0288	0.8012	0.1228	0.4689	-30.0168	58.471	7.0855
10	3.1076	-1.2717	-0.3104	2.4154	-0.8844	2.4734	-0.3609	-0.3033	-0.1864	0.3102	0.5762	0.4302	-0.7463	-1.0825	-0.108	0.5451	0.2718	-0.0987	0.7245	0.0741	0.3364	-28.2488	60.1156	1.76
11	3.4777	0.2173	0.397	2.6136	-0.191	3.2155	0.616	-0.0414	-0.8472	-0.3817	0.1244	0.7653	1.2054	-1.4252	-0.0635	0.7936	-0.2997	-0.417	0.692	0.1088	0.606	-25.5438	43.6839	-4.1943
12	2.5582	-1.4994	0.5125	1.8007	-0.3948	4.0514	0.2228	-0.0166	0.0328	-0.4409	-0.162	0.0334	0.0446	-0.1141	-0.0285	0.322	-0.0312	-0.0424	0.4353	0.0293	0.251	-15.5749	51.5746	-1.4146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 32:94)	A	32 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 95:228)	A	95 - 228
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 229:309)	A	229 - 309
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 310:333)	A	310 - 333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 32:67)	B	32 - 67
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 68:94)	B	68 - 94
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 95:175)	B	95 - 175
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 176:203)	B	176 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 204:228)	B	204 - 228
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 229:271)	B	229 - 271
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 272:287)	B	272 - 287
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 288:333)	B	288 - 333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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