+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3utd | ||||||
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Title | Ec_IspH in complex with 4-oxopentyl diphosphate | ||||||
Components | 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / iron-sulfur protein / IspH / LytB / isoprenoid biosynthesis / non-mevalonate pathway | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2012 Title: Discovery of acetylene hydratase activity of the iron-sulphur protein IspH. Authors: Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Li, K. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3utd.cif.gz | 278.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3utd.ent.gz | 225.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3utd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3utd_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3utd_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 3utd_validation.xml.gz | 31 KB | Display | |
Data in CIF | 3utd_validation.cif.gz | 45.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3urkC 3utcC 3uv3C 3uv6C 3uv7C 3uwmC 3ke8S 3uv8 S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 35790.512 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / Plasmid: pQE30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL1 blue / References: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonia sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 13, 2011 |
Radiation | Monochromator: double-crystal fixed-exit monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→40 Å / Num. all: 69488 / Num. obs: 69837 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3KE8 Resolution: 1.7→47.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.222 / SU ML: 0.063 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.101 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.48 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→47.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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