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- PDB-3u8d: Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u8d
タイトルFunctionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism
要素Phospholipase A2, membrane associated
キーワードHYDROLASE / secreted phospholipase A2 / Phospholipase A2 activity
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA ...regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / low-density lipoprotein particle remodeling / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / Antimicrobial peptides / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / secretory granule / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / killing of cells of another organism / mitochondrial outer membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U8D / Phospholipase A2, membrane associated
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.805 Å
データ登録者Lee, L.K. / Bryant, K.J. / Bouveret, R. / Lei, P.-W. / Duff, A.P. / Harrop, S.J. / Huang, E.P. / Harvey, R.P. / Gelb, M.H. / Gray, P.P. ...Lee, L.K. / Bryant, K.J. / Bouveret, R. / Lei, P.-W. / Duff, A.P. / Harrop, S.J. / Huang, E.P. / Harvey, R.P. / Gelb, M.H. / Gray, P.P. / Curmi, P.M. / Cunningham, A.M. / Church, W.B. / Scott, K.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Selective Inhibition of Human Group IIA-secreted Phospholipase A2 (hGIIA) Signaling Reveals Arachidonic Acid Metabolism Is Associated with Colocalization of hGIIA to Vimentin in Rheumatoid Synoviocytes.
著者: Lee, L.K. / Bryant, K.J. / Bouveret, R. / Lei, P.W. / Duff, A.P. / Harrop, S.J. / Huang, E.P. / Harvey, R.P. / Gelb, M.H. / Gray, P.P. / Curmi, P.M. / Cunningham, A.M. / Church, W.B. / Scott, K.F.
履歴
登録2011年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2, membrane associated
B: Phospholipase A2, membrane associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,05312
ポリマ－27,8902
非ポリマー1,16310
水6,035335
1
A: Phospholipase A2, membrane associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5276
ポリマ－13,9451
非ポリマー5815
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phospholipase A2, membrane associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5276
ポリマ－13,9451
非ポリマー5815
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.422, 74.422, 93.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-205-

CL

21A-351-

HOH

31A-417-

HOH

41A-458-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A1 - 125
2115B1 - 125

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2, membrane associated / GIIC sPLA2 / Group IIA phospholipase A2 / Non-pancreatic secretory phospholipase A2 / NPS-PLA2 / ...GIIC sPLA2 / Group IIA phospholipase A2 / Non-pancreatic secretory phospholipase A2 / NPS-PLA2 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase 2A


分子量: 13945.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G2A, PLA2B, PLA2L, RASF-A
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P14555, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-U8D / (3-{[3-(2-amino-2-oxoethyl)-1-benzyl-2-ethyl-1H-indol-5-yl]oxy}propyl)phosphonic acid / LY-311727


分子量: 430.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N2O5P
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月19日
放射モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.5
11K, H, -L20.5
反射解像度: 1.801→37.178 Å / Num. obs: 28140 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.805→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.81 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 2101 7.5 %
Rwork0.1214 --
obs0.1264 27471 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.77 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9304 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.9304 Å20 Å2
3----5.8608 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.805→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1932 0 68 335 2335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2092859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.494805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004356
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
724medium positional0.270.5
968loose positional0.475
724medium thermal0.632
968loose thermal0.7710
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.805-1.84720.30311370.18211662X-RAY DIFFRACTION90
1.8472-1.89340.23751360.16661711X-RAY DIFFRACTION92
1.8934-1.94450.22831380.15981694X-RAY DIFFRACTION92
1.9445-2.00160.25861400.15151712X-RAY DIFFRACTION92
2.0016-2.06610.21971430.14021715X-RAY DIFFRACTION92
2.0661-2.13980.19841380.1351704X-RAY DIFFRACTION93
2.1398-2.22530.18361410.13081722X-RAY DIFFRACTION92
2.2253-2.32640.1931390.13391715X-RAY DIFFRACTION93
2.3264-2.44870.1621380.12751711X-RAY DIFFRACTION93
2.4487-2.60160.18981420.12151723X-RAY DIFFRACTION92
2.6016-2.80160.22031350.11921729X-RAY DIFFRACTION93
2.8016-3.0820.20231380.12351743X-RAY DIFFRACTION93
3.082-3.52440.17221390.1011751X-RAY DIFFRACTION92
3.5244-4.42710.13041440.08441769X-RAY DIFFRACTION92
4.4271-16.88320.16131480.11451833X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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