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- PDB-3tjm: Crystal Structure of the Human Fatty Acid Synthase Thioesterase D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tjm
タイトルCrystal Structure of the Human Fatty Acid Synthase Thioesterase Domain with an Activate Site-Specific Polyunsaturated Fatty Acyl Adduct
要素Fatty acid synthase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / thioesterase domain / fatty acid synthesis / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / : / ether lipid biosynthetic process / : / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / : / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / glandular epithelial cell development ...fatty-acid synthase system / : / ether lipid biosynthetic process / : / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / : / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / glandular epithelial cell development / : / establishment of endothelial intestinal barrier / glycogen granule / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / : / modulation by host of viral process / ChREBP activates metabolic gene expression / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / mammary gland development / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / monocyte differentiation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / osteoblast differentiation / melanosome / cadherin binding / inflammatory response / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase; domain 2 / Protein Yjbj; Chain: A; / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. ...Fatty acid synthase; domain 2 / Protein Yjbj; Chain: A; / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7FA / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Zhang, W. / Zheng, F. / Florante, A.Q.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of FAS thioesterase domain with polyunsaturated fatty acyl adduct and inhibition by dihomo-gamma-linolenic acid.
著者: Zhang, W. / Chakravarty, B. / Zheng, F. / Gu, Z. / Wu, H. / Mao, J. / Wakil, S.J. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2011年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3152
ポリマ－30,9711
非ポリマー3441
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.915, 62.097, 76.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid synthase / [Acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / 3- ...[Acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase


分子量: 30971.041 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2218-2500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAS, FASN / プラスミド: ProEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3- ...参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, EC: 4.2.1.61, EC: 1.3.1.10, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-7FA / methyl (R)-(6Z,9Z,12Z)-octadeca-6,9,12-trien-1-ylphosphonofluoridate


分子量: 344.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H34FO2P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 18-23% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月21日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→23.56 Å / Num. all: 39110 / Num. obs: 38459 / % possible obs: 98.3341 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XKT

1xkt


解像度: 1.48→23.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.564 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22417 2033 5 %RANDOM
Rwork0.18981 ---
obs0.19159 38459 98.33 %-
all-39110 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.067 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→23.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2123 0 22 251 2396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9773174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9745277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.37723.396106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54815414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7881517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.21197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21633
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3210.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2541.51443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8922316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9213982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8734.5856
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.88632425
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.8083251
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.67732286
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 149 -
Rwork0.189 2736 -
obs--96.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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