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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tdj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J-L483Y-N754S) in complex with glutamate and BPAM-97 at 1.95 A resolution | ||||||
要素 | Glutamate receptor 2 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / AMPA RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN / GLUA2 S1S2J-L483Y-N754S / BPAM-97 / ALLOSTERIC MODULATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Krintel, C. / Frydenvang, K. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012 タイトル: Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2. 著者: Krintel, C. / Frydenvang, K. / Olsen, L. / Kristensen, M.T. / de Barrios, O. / Naur, P. / Francotte, P. / Pirotte, B. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2002 タイトル: Mechanism of glutamate receptor desensitization. 著者: Sun, Y. / Olson, R. / Horning, M. / Armstrong, N. / Mayer, M. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tdj.cif.gz | 132.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tdj.ent.gz | 102.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tdj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3tdj_validation.pdf.gz | 499.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3tdj_full_validation.pdf.gz | 507.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3tdj_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3tdj_validation.cif.gz | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29244.678 Da / 分子数: 2 断片: Ligand binding domain, UNP residues 413-527 and 653-796 変異: L483Y, N754S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Glur2, Gria2 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P19491 |
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-非ポリマー , 6種, 541分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 % |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 15.2% PEG4000, 0.3 M lithium sulfate and 0.1 M phosphate-citrate., pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.908 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→24.26 Å / Num. obs: 42368 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 17.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 13.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3H6T 解像度: 1.95→24.217 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 20.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.638 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.217 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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