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- PDB-3t7r: Crystal structure of apo BVU_3255, a methyltransferase from Bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t7r
タイトルCrystal structure of apo BVU_3255, a methyltransferase from Bacteroides vulgatus ATCC 8482
要素Putative methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Small molecule methyltransferase / BVU_3255 / ROSSMANN FOLD / METHYLTRASNFERASE / SAM / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
: / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[(2Z)-3-methylpent-2-en-1-yl]benzene-1,2-diol / Methyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kumar, V. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural characterization of BVU_3255, a methyltransferase from human intestine antibiotic resistant pathogen Bacteroides vulgatus
著者: Kumar, V. / Sivaraman, J.
履歴
登録2011年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative methyltransferase
B: Putative methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7144
ポリマ－61,3292
非ポリマー3852
水1,820101
1
A: Putative methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8572
ポリマ－30,6651
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8572
ポリマ－30,6651
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.063, 72.140, 55.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putative methyltransferase


分子量: 30664.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア)
株: ATCC 8482 / 遺伝子: BVU_3255 / プラスミド: pGS21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)BL21 / 参照: UniProt: A6L5C0
#2: 化合物 ChemComp-6PP / 3-[(2Z)-3-methylpent-2-en-1-yl]benzene-1,2-diol


分子量: 192.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE LIGAND 6PP HAS BEEN BUILT BASED ON THE DENSITY OF THIS STRUCTURE. THE ORIGINAL COMPOUND MIGHT ...THE LIGAND 6PP HAS BEEN BUILT BASED ON THE DENSITY OF THIS STRUCTURE. THE ORIGINAL COMPOUND MIGHT BE 2-POLYPRENYLE-6-HYDROXYPHENOL, WITH 5-9 PRENYL REPEAT UNIT. ONLY A PARTIAL MODEL OF THE PROPOSED SUBSTRATE WAS BUILT, AND THE CHIRALITY OF THE ATOM CAK IS NOT THOROUGHLY VERIFIED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 170mM Mg(CH3COO)2, 15% Polyethylene Glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 11578 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.184 / % possible all: 74.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
MOLREPMR位相決定
CNS1.21精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3E7P

3e7p


解像度: 2.9→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 735 3.2 %Random
Rwork0.2283 ---
obs-10874 --
溶媒の処理Bsol: 8.2466 Å2
原子変位パラメータBiso max: 67.07 Å2 / Biso mean: 40.849 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.062 Å20 Å20 Å2
2--4.103 Å20 Å2
3---8.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3990 0 28 101 4119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.187
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.3762
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.2052.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5DRG.paramDRG.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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