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Yorodumi- PDB-3srw: S. aureus Dihydrofolate Reductase complexed with novel 7-aryl-2,4... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3srw | ||||||
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Title | S. aureus Dihydrofolate Reductase complexed with novel 7-aryl-2,4-diaminoquinazolines | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dihydrofolate reductase / DHFR / drug design / enzyme inhibitors / folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Hilgers, M. | ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem.Lett. / Year: 2011 Title: Structure-based design of new DHFR-based antibacterial agents: 7-aryl-2,4-diaminoquinazolines. Authors: Li, X. / Hilgers, M. / Cunningham, M. / Chen, Z. / Trzoss, M. / Zhang, J. / Kohnen, L. / Lam, T. / Creighton, C. / G C, K. / Nelson, K. / Kwan, B. / Stidham, M. / Brown-Driver, V. / Shaw, K.J. / Finn, J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3srw.cif.gz | 84.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3srw.ent.gz | 63.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3srw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3srw_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3srw_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 3srw_validation.xml.gz | 9.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3srw_validation.cif.gz | 13.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3srw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3srw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3sqyC 3sr5C 3srqC 3srrC 3srsC 3sruC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19347.088 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: folA / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-AI / References: UniProt: P0A017, dihydrofolate reductase |
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#2: Chemical | ChemComp-Q27 / |
#3: Chemical | ChemComp-NAP / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: PEG 8000, Mg acetate, MPD, ADA buffer, pH 6.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: Mar345 / Detector: IMAGE PLATE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→68.68 Å / Num. all: 22396 / Num. obs: 22396 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 36.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 33.56 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→22.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2371 / WRfactor Rwork: 0.2093 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8634 / SU B: 3.707 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1048 / SU Rfree: 0.1028 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.101 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 44.42 Å2 / Biso mean: 21.331 Å2 / Biso min: 10.51 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→22.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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