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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3scg | ||||||
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タイトル | Fe(II)-HppE with R-HPP | ||||||
要素 | Epoxidase | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / cupin-fold / Hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / mononuclear non-heme iron ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / phosphinothricin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / ferrous iron binding / protein homotetramerization / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces wedmorensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Drennan, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011 タイトル: Structural basis of regiospecificity of a mononuclear iron enzyme in antibiotic fosfomycin biosynthesis. 著者: Yun, D. / Dey, M. / Higgins, L.J. / Yan, F. / Liu, H.W. / Drennan, C.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3scg.cif.gz | 120.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3scg.ent.gz | 94.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3scg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3scg_validation.pdf.gz | 466.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3scg_full_validation.pdf.gz | 479.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3scg_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3scg_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3scg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3scg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21361.127 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces wedmorensis (バクテリア) 遺伝子: fom4 / プラスミド: pPL001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q56185 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.53 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→100 Å / Num. obs: 19839 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.7 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 54.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 11.8 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1ZZ8 解像度: 3→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
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拘束条件 |
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