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- PDB-3s0d: Apis mellifera OBP 14 in complex with the citrus odorant citralva... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s0d | ||||||
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Title | Apis mellifera OBP 14 in complex with the citrus odorant citralva (3,7-dimethylocta-2,6-dienenitrile) | ||||||
![]() | OBP14 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / all helical protein / unknown odorant molecules / antennae | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Apis mellifera OBP14, a C-minus odorant-binding protein, and its complexes with odorant molecules. Authors: Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Legrand, P. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 52.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 435.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 436.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3rzsC ![]() 3s0aSC ![]() 3s0bC ![]() 3s0eC ![]() 3s0fC ![]() 3s0gC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13553.611 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 18-135 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-CTV / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 36.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.8 Details: 1.8-1.9 M tri-sodium citrate, 25 mM CHES, pH 9.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8265 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.24→45.1 Å / Num. all: 30933 / Num. obs: 30933 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.24→1.27 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2517 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3S0A Resolution: 1.24→43.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.354 / SU ML: 0.027 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.046 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 7.281 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.046 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.24→43.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.24→1.272 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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