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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rcf | ||||||
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タイトル | Human cyclophilin D complexed with N-[(4-aminophenyl)sulfonyl]benzamide | ||||||
![]() | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial | ||||||
![]() | ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / beta barrel / prolyl cis/trans isomerase / mitochondria / inhibitor / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to calcium ion / peptide binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Colliandre, L. / Ahmed-Belkacem, H. / Bessin, Y. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fragment-based discovery of a new family of non-peptidic small-molecule cyclophilin inhibitors with potent antiviral activities. 著者: Ahmed-Belkacem, A. / Colliandre, L. / Ahnou, N. / Nevers, Q. / Gelin, M. / Bessin, Y. / Brillet, R. / Cala, O. / Douguet, D. / Bourguet, W. / Krimm, I. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3r49C ![]() 3r4gC ![]() 3r54C ![]() 3r56C ![]() 3r57C ![]() 3r59C ![]() 3rcgC ![]() 3rciC ![]() 3rckC ![]() 3rclC ![]() 3rd9C ![]() 3rdaC ![]() 3rdbC ![]() 3rddC ![]() 4j58C ![]() 4j59C ![]() 4j5bC ![]() 4j5cC ![]() 4j5dC ![]() 4j5eC ![]() 2bitS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17870.400 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-207 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 30% PEG4000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日 |
放射 | モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→27.3 Å / Num. all: 50252 / Num. obs: 49247 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 19.9 / Observed criterion σ(I): 19.9 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.065 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.263 / % possible all: 90.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BIT 解像度: 1.15→26.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.836 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 5.305 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→26.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
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