PDB-3qyk: Human Carbonic Anhydrase II complexed with triple ring benzene su...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qyk

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II complexed with triple ring benzene sulfonamide inhibitor

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / Hydration of CO2 / CO2 / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.469 Å

データ登録者

Aggarwal, M. / McKenna, R.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Human Carbonic Anhydrase II complexed with triple ring benzene sulfonamide inhibitor
著者: Aggarwal, M. / McKenna, R. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2011年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qyk.cif.gz	154.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qyk.ent.gz	121.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qyk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qyk_validation.pdf.gz	768.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qyk_full_validation.pdf.gz	770.5 KB	表示
XML形式データ	3qyk_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	3qyk_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/3qyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/3qyk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ymb-d 2h15-d 3p5l-d 4r5a-d 6sys-d 3pyk-d 3mzc-d 4q06-d 6t9z-d 6luy-d 5fls-d 4m2v-d 5wgp-d 5dsp-d 1kwr-d 6lva-d 7jo2-d 6t7u-d 2nxt-d 1cay-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.280, 41.362, 72.272
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2, hCAII / プラスミド: pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-IE2 / 4-(7-methylpyrazolo[3',4':4,5]thiopyrano[2,3-b]pyridin-1(4H)-yl)benzenesulfonamide 分子量: 358.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₄N₄O₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 1.6 M sodium citrate, 50 mM Tris-Cl, drug dissolved in DMSO, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月12日

放射

モノクロメーター: Varimax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.469→50 Å / Num. all: 41491 / Num. obs: 39832 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 1.022 / Net I/σ(I): 32.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.47-1.52	4.8	0.19	3794	1.062	1	92
1.52-1.58	4.9	0.147	3803	1.08	1	93.1
1.58-1.66	4.9	0.116	3897	1.09	1	94
1.66-1.74	4.9	0.095	3906	1.068	1	94.7
1.74-1.85	4.9	0.076	3955	1.012	1	95.3
1.85-2	4.9	0.065	3953	0.971	1	96.6
2-2.2	5	0.059	4062	1.011	1	97.3
2.2-2.51	5	0.056	4056	0.953	1	98.1
2.51-3.17	5	0.053	4145	1.046	1	99.1
3.17-50	4.9	0.05	4261	0.945	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.469→23.357 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.9175 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1777	1979	5.01 %	Random
R_work	0.1576	-	-	-
obs	0.1586	39492	95.15 %	-
all	-	41491	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.139 Å² / k_sol: 0.462 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 57 Å² / B_iso mean: 15.8784 Å² / B_iso min: 4.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7824 Å²	-0 Å²	-0.3845 Å²
2-	-	-0.903 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6854 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.469→23.357 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	29	265	2343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.401	2961
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	310
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	390
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.536	809

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4695-1.5062	0.3536	135	0.3593	2453	2588	88
1.5062-1.5469	0.2745	139	0.2642	2552	2691	91
1.5469-1.5925	0.2279	122	0.2001	2579	2701	92
1.5925-1.6438	0.1866	141	0.1621	2580	2721	92
1.6438-1.7026	0.1835	137	0.1409	2601	2738	93
1.7026-1.7707	0.144	135	0.1287	2654	2789	94
1.7707-1.8513	0.141	147	0.1254	2678	2825	95
1.8513-1.9488	0.1682	137	0.1368	2675	2812	96
1.9488-2.0709	0.1732	145	0.1487	2710	2855	97
2.0709-2.2306	0.1853	142	0.1423	2741	2883	97
2.2306-2.4549	0.16	141	0.1452	2767	2908	98
2.4549-2.8096	0.1583	149	0.1496	2795	2944	99
2.8096-3.5379	0.1772	149	0.1529	2833	2982	99
3.5379-23.3596	0.18	160	0.1669	2895	3055	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1253	0.0783	0.0036	0.0692	-0.0293	0.0541	-0.0426	-0.0527	-0.0339	0.0103	-0.0327	-0.0878	0.0777	0.0408	-0.0099	0.0303	0.0038	0.0144	0.0943	-0.0002	0.0744	6.9605	-1.7688	18.5505
2	0.4238	-0.1316	0.1255	0.1281	0.0319	0.3415	-0.0198	-0.0465	0.0243	0.0109	0.0178	0.0501	-0.008	-0.0207	0.0019	0.0798	-0.001	0.0043	0.0675	0.0014	0.0809	-12.868	0.7303	18.0711
3	0.0126	-0.0047	0.0037	0.0198	-0.0277	0.0166	-0.039	0.1705	-0.0361	-0.2701	0.0648	0.2764	0.1039	-0.096	-0	0.1404	-0.0209	-0.0281	0.1294	0.0051	0.1364	-15.8569	-6.2097	0.2861
4	0.4156	-0.0534	0.012	0.2154	-0.1366	0.2002	0.0211	0.0137	-0.0062	-0.0302	-0.0074	0.0065	0.0397	-0.001	0.02	0.0665	-0.0001	-0.0024	0.0623	0.0041	0.061	-9.6926	-4.6865	11.5217
5	0.0303	-0.024	0.0354	0.046	-0.0334	0.0379	-0.0449	-0.2373	0.024	0.0556	0.0723	0.0587	0.084	-0.0437	0.0019	0.1066	-0.0018	0.0136	0.1606	0.0099	0.1011	-9.3477	-3.8323	33.4566

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 4:29)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 30:154)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 155:167)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 168:248)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 249:261)	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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