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万見
- PDB-4m2v: Genetically engineered Carbonic Anhydrase IX in complex with Brin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m2v
タイトルGenetically engineered Carbonic Anhydrase IX in complex with Brinzolamide
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLyase/Lyase Inhibitor / Carbonic Anhydrase IX mimic / Lyase-Lyase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BZ1 / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.718 Å
データ登録者Pinard, M.P. / Boone, C.D. / Rife, B.D. / Supuran, C.T. / Mckenna, R.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural study of interaction between brinzolamide and dorzolamide inhibition of human carbonic anhydrases.
著者: Pinard, M.A. / Boone, C.D. / Rife, B.D. / Supuran, C.T. / McKenna, R.
履歴
登録2013年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2353
ポリマ－28,7861
非ポリマー4492
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.583, 41.788, 72.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細No Symmetry operations used

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 28786.363 Da / 分子数: 1 / 変異: K9A, A65S, N67Q, E69T, I91L, F130V, K169E, L203A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BZ1 / (+)-4-ETHYLAMINO-3,4-DIHYDRO-2-(METHOXY)PROPYL-2H-THIENO[3,2-E]-1,2-THIAZINE-6-SULFONAMIDE-1,1-DIOXIDE / Brinzolamide / ブリンゾラミド


分子量: 383.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N3O5S3 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Drops were prepared by mixing 7 uL of the final concentrated protein (~10 mg/mL) and 3 uL of precipitant solution against 1 mL of precipitant solution. The precipitant solution conditions ...詳細: Drops were prepared by mixing 7 uL of the final concentrated protein (~10 mg/mL) and 3 uL of precipitant solution against 1 mL of precipitant solution. The precipitant solution conditions varied, and consisted of 50 mM Tris-HCl (pH 7.5) and 1.6 M sodium citrate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月5日
放射モノクロメーター: Varimax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.718→20 Å / Num. obs: 26547 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 15.07 Å2
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.718→18.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9179 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1596 1327 5 %Random 5%
Rwork0.1318 ---
all0.1332 ---
obs0.1332 26532 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.36 Å2 / Biso mean: 21.4664 Å2 / Biso min: 2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.718→18.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 24 78 2140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3292946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.258816
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7175-1.78630.20321500.14992649279994
1.7863-1.86750.16051380.130328062944100
1.8675-1.96590.19711480.126527832931100
1.9659-2.08890.16291500.126628062956100
2.0889-2.24990.16381410.124728072948100
2.2499-2.47590.15431480.133928222970100
2.4759-2.83310.17071530.143628332986100
2.8331-3.56560.17271490.145728322981100
3.5656-18.95140.12831500.11862867301798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.6538 Å / Origin y: -1.7178 Å / Origin z: 86.8109 Å
111213212223313233
T0.0269 Å2-0.0052 Å20.001 Å2-0.0236 Å20.0038 Å2--0.0336 Å2
L0.9595 °2-0.0561 °2-0.0479 °2-0.757 °2-0.1011 °2--1.0018 °2
S-0.012 Å °-0.0091 Å °0.0434 Å °-0.0269 Å °0.0149 Å °-0.0223 Å °0.0117 Å °0.0042 Å °0.0006 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 261
2X-RAY DIFFRACTION1allA262 - 301
3X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 420
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 59
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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