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万見
- PDB-3qvl: Allantoin racemase from Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qvl
タイトルAllantoin racemase from Klebsiella pneumoniae
要素Putative hydantoin racemase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydantoin racemase / amino-acid racemase activity
類似検索 - 分子機能
: / Rossmann fold - #12500 / : / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[(4R)-2,5-dioxoimidazolidin-4-yl]acetic acid / Hydantoin racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.822 Å
データ登録者French, J.B. / Neau, D.B. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Characterization of the Structure and Function of Klebsiella pneumoniae Allantoin Racemase.
著者: French, J.B. / Neau, D.B. / Ealick, S.E.
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative hydantoin racemase
B: Putative hydantoin racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4514
ポリマ－51,1352
非ポリマー3162
水7,981443
1
A: Putative hydantoin racemase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,35412
ポリマ－153,4056
非ポリマー9496
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/21
Buried area21150 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area43640 Å2
手法PISA
2
B: Putative hydantoin racemase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,35412
ポリマ－153,4056
非ポリマー9496
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
Buried area20980 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area43630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.955, 124.955, 126.954
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-253-

HOH

21A-289-

HOH

31A-448-

HOH

41B-286-

HOH

51B-297-

HOH

61B-357-

HOH

71B-417-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative hydantoin racemase


分子量: 25567.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: HpxA, KPN78578_17580, KPN_01788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6T9E8
#2: 化合物 ChemComp-5HY / [(4R)-2,5-dioxoimidazolidin-4-yl]acetic acid / Hydantoin-5-acetic acid


分子量: 158.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.9
詳細: 30% Peg 400, 0.1 M sodium acetate pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLECRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→108.21 Å / Num. all: 52509 / Num. obs: 52509 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.448 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.82-1.8911.30.30151581.0451100
1.89-1.9615.30.22651661.0891100
1.96-2.0516.10.16251731.2041100
2.05-2.1616.10.12151851.3081100
2.16-2.2916.20.09551891.411100
2.29-2.4716.20.07952171.4691100
2.47-2.7216.10.06552391.5611100
2.72-3.11160.05952771.6231100
3.11-3.9215.60.06953392.3261100
3.92-5014.60.04955661.291199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.822→108.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 2.458 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 2675 5.1 %RANDOM
Rwork0.2074 ---
all0.2081 52509 --
obs0.2081 52474 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.92 Å2 / Biso mean: 20.3303 Å2 / Biso min: 8.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.822→108.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3490 0 22 443 3955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9271.9794859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5745490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.88723.559118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13615553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1451522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1711.52440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.32623873
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.44431131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8054.5986
LS精密化 シェル解像度: 1.822→1.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 182 -
Rwork0.264 3559 -
all-3741 -
obs--97.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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