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- PDB-3qu8: Crystal structure of a human cytochrome P450 2B6 (Y226H/K262R) in... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qu8 | ||||||
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Title | Crystal structure of a human cytochrome P450 2B6 (Y226H/K262R) in complex with the inhibitor 4-(4-Nitrobenzyl)pyridine. | ||||||
![]() | Cytochrome P450 2B6 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() testosterone 16-alpha-hydroxylase activity / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shah, M.B. / Pascual, J. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of Cytochrome P450 2B6 Bound to 4-Benzylpyridine and 4-(4-Nitrobenzyl)pyridine: Insight into Inhibitor Binding and Rearrangement of Active Site Side Chains. Authors: Shah, M.B. / Pascual, J. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. | ||||||
History |
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Remark 999 | THE RESIDUES 3-21 (LSVLLFLALLTGLLLLLVQ) OF CORRESPONDING DATABASE REFERENCE SEQUENCE (UNP P20813) ...THE RESIDUES 3-21 (LSVLLFLALLTGLLLLLVQ) OF CORRESPONDING DATABASE REFERENCE SEQUENCE (UNP P20813) IS DELETED IN THIS STRUCTURE. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 462.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3qoaC ![]() 3ibdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 54646.004 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: Cytochrome P450 2B6, residues 3-21 deleted Mutation: E2A, R22K, H23K, P24T, N25S, T26S, H27K, D28G, R29K, Y226H, K262R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-HEM / ![]() #3: Chemical | ChemComp-3QU / #4: Chemical | ChemComp-CM5 / #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.06 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / pH: 7 Details: 0.15 M DL-Malic Acid, 20 % w/v PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2010 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.8→84.6 Å / Num. obs: 76085 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 52.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 78.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3IBD Resolution: 2.8→50.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 16.814 / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.433 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.67 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→50.51 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.88 Å / Total num. of bins used: 20
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