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- PDB-3p0i: Leishmania major Tyrosyl-tRNA synthetase in complex with tyrosino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0i
タイトルLeishmania major Tyrosyl-tRNA synthetase in complex with tyrosinol, cubic crystal form
要素Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / aminoacyl-tRNA synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) / tRNA ligase / aaRS / TyrRS / pseudodimer / translation (翻訳 (生物学)) / ATP-binding / nucleotide-binding / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / チロシンtRNAリガーゼ / tyrosine-tRNA ligase activity / ciliary plasm / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]phenol / tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Larson, E.T. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Double-Length Tyrosyl-tRNA Synthetase from the Eukaryote Leishmania major Forms an Intrinsically Asymmetric Pseudo-Dimer.
著者: Larson, E.T. / Kim, J.E. / Castaneda, L.J. / Napuli, A.J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Zucker, F.H. / Verlinde, C.L. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.
履歴
登録2010年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,4494
ポリマ－154,1142
非ポリマー3342
水0
1
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2242
ポリマ－77,0571
非ポリマー1671
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2242
ポリマ－77,0571
非ポリマー1671
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)241.400, 241.400, 241.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A0 - 363
2112B0 - 363
1122A365 - 682
2122B365 - 682

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量: 77057.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LmjF14.1370 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QFJ7, チロシンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-TYE / 4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]phenol / tyrosinol / bound form of TYROSINAL / L-チロシノ-ル / Tyrosinol


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 167.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13NO2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: equal volumes SeMet protein solution (24 mg/ml LmTyrRS in MSGPP buffer containing 5 mM DTT and 10 mM tyrosinol) and well solution (25% PEG 3350, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 10 mM Ferric ...詳細: equal volumes SeMet protein solution (24 mg/ml LmTyrRS in MSGPP buffer containing 5 mM DTT and 10 mM tyrosinol) and well solution (25% PEG 3350, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 10 mM Ferric III Chloride); cryoprotected by addition of 26% PEG 3350, 8% MSGPP buffer, 8% ethylene glycol, 20% glycerol and 0.09 M tri-sodium citrate pH 5.5 directly to drop prior to mounting and freezing crystals in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→85.35 Å / Num. obs: 41253 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 7.98 % / Biso Wilson estimate: 83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 7.3331
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.13-3.36.960.014199.82
3.3-3.57.340.014199.92
3.5-3.747.590.014199.91
3.74-4.047.860.014199.95
4.04-4.428.360.0141100
4.42-4.958.750.0141100
4.95-5.718.790.0141100
5.71-78.760.0141100
7-9.898.670.0141100
9.89-85.358.260.014199.52

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4_3.3.16データスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3P0H

3p0h


解像度: 3.13→85.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 48.246 / SU ML: 0.369 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 2062 5 %RANDOM
Rwork0.2395 ---
obs0.2409 41212 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 122.862 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.13→85.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9278 0 24 0 9302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1621.96412845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.925315432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94551207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.92124.458406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.697151637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7181558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
12105TIGHT POSITIONAL0.020.05
12581MEDIUM POSITIONAL0.030.5
21056TIGHT POSITIONAL0.020.05
21148MEDIUM POSITIONAL0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 3.13→3.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 165 -
Rwork0.35 2833 -
all-2998 -
obs--99.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.38832.20071.80772.3293-0.2331.31810.0694-0.4957-0.48640.4547-0.1708-0.19570.0503-0.04940.10150.31930.13650.16060.25530.16590.531922.41267.37764.14
28.44222.8698-2.54242.9094-0.54552.66280.18040.28170.03910.0944-0.10360.63080.3889-0.3141-0.07680.4477-0.05320.12950.29390.07150.8158-24.44646.38169.548
32.8995-1.4522-0.82687.03251.62051.6380.00460.54590.2811-0.4573-0.0070.0338-0.349-0.19080.00240.19960.13650.05630.35360.11480.50823.72892.32841.417
416.2024-3.7914-11.34823.82363.508411.04220.59513.5367-0.4229-0.578-0.90890.4050.2049-2.41850.31380.46360.15160.01831.4473-0.18510.642719.9869.50210.545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 364
2X-RAY DIFFRACTION1A701
3X-RAY DIFFRACTION2A365 - 680
4X-RAY DIFFRACTION3B-1 - 355
5X-RAY DIFFRACTION3B701
6X-RAY DIFFRACTION4B366 - 544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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