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- PDB-3ozw: The Crystal Structure of flavohemoglobin from R. eutrophus in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ozw
タイトルThe Crystal Structure of flavohemoglobin from R. eutrophus in complex with ketoconazole
要素Flavohemoglobin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / globin fold / antiparallel beta-barrel / alpha/beta fold / HEM- / FAD- / NAD- binding domains
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide dioxygenase / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / response to toxic substance / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flavohemoprotein / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Globin/Protoglobin / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type ...Flavohemoprotein / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Globin/Protoglobin / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DGG / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-KKK / PHOSPHATE ION / Flavohemoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者El Hammi, E. / Warkentin, E. / Demmer, U. / Ermler, U. / Baciou, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structure of Ralstonia eutropha Flavohemoglobin in Complex with Three Antibiotic Azole Compounds.
著者: El Hammi, E. / Warkentin, E. / Demmer, U. / Limam, F. / Marzouki, N.M. / Ermler, U. / Baciou, L.
履歴
登録2010年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavohemoglobin
B: Flavohemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,36110
ポリマ－89,6642
非ポリマー4,6978
水3,261181
1
A: Flavohemoglobin
ヘテロ分子

B: Flavohemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,36110
ポリマ－89,6642
非ポリマー4,6978
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_454-x-1/2,y+1/2,-z-1/41
Buried area7840 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area33630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.120, 87.120, 292.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Flavohemoglobin / Hemoglobin-like protein / Flavohemoglobin / FHP / Nitric oxide dioxygenase / NO oxygenase / NOD


分子量: 44831.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: H16 / 遺伝子: hmp, fhp, PHG200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P39662, nitric oxide dioxygenase

-
非ポリマー , 6種, 189分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-KKK / 1-acetyl-4-(4-{[(2R,4S)-2-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-ylmethyl)-1,3-dioxolan-4-yl]methoxy}phenyl)piperazine / (2R,4S)-ケトコナゾ-ル


分子量: 531.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28Cl2N4O4 / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-DGG / 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL


分子量: 734.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H75O10P
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: 1.5M ammonium sulphate, 25% (w/v) glycerol and 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0007
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月12日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 47157 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 66

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.6.0046精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CQX

1cqx


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 13.063 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2408 5.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 45024 92.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6312 0 288 181 6781
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6542.0379293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1535808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.54724.516310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.162151065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7261537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2976
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1994tight positional0.090.05
2584tight positional0.040.05
1926medium positional0.110.5
2576medium positional0.050.5
396medium positional0.140.5
1994tight thermal3.50.5
2584tight thermal7.910.5
1926medium thermal5.152
2576medium thermal9.652
396medium thermal5.292
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 130 -
Rwork0.305 2308 -
obs--65.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.30561.06752.08623.4813-0.13382.38070.22770.0009-0.47790.11060.0018-0.17060.28750.1404-0.22940.28720.0316-0.1630.03590.01240.1757-25.05235.343-34.952
28.50117.6415.847914.06096.52865.44020.001-0.76950.1070.1878-0.34690.0755-0.1034-0.5770.34590.21330.0243-0.10320.1109-0.0230.1043-29.70245.396-30.879
34.8259-0.38270.69922.57760.04484.0546-0.23540.0620.30950.0481-0.0986-0.5305-0.18310.47770.33390.2796-0.0718-0.18120.11910.14440.2944-3.26148.472-23.673
46.8513-2.9451.49685.4293-2.38354.2144-0.1767-0.7287-0.08140.52440.19150.2231-0.1814-0.4029-0.01480.4293-0.0299-0.09720.32920.12770.1971-7.87135.264-4.248
53.0054-1.96491.64643.2471-1.48351.7571-0.2545-0.14570.60550.10260.0255-0.2321-0.3560.26010.2290.2738-0.0485-0.140.1708-0.0570.2411-6.46411.675-26.712
612.5173-12.70870.602316.18690.63633.29180.15610.70040.064-0.3738-0.15470.02760.21770.5659-0.00150.2277-0.0127-0.09890.17230.02380.0478-3.2493.499-34.662
73.7105-0.0890.56271.6936-0.55994.42210.23440.1202-0.33330.0006-0.0645-0.17160.37950.5603-0.16990.19540.0963-0.10730.1598-0.00280.116814.038-2.121-13.983
84.17821.95511.98316.15970.22597.43590.10160.43650.28690.12670.171-0.9648-0.56471.008-0.27260.48170.0338-0.01860.77810.12620.616727.78515.756-21.836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2A114 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3A149 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4A259 - 392
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6B114 - 148
7X-RAY DIFFRACTION7B149 - 258
8X-RAY DIFFRACTION8B259 - 392

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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