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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ofm | ||||||
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タイトル | Structure of a human CK2alpha prime, the paralog isoform of the catalytic subunit of protein kinase CK2 from Homo sapiens | ||||||
![]() | Casein kinase II subunit alpha' | ||||||
![]() | transferase/transferase inhibitor / eukaryptic protein kinase fold / phospho transferase / ATP binding / Phosphorylation / Cytoplasm and nucleus / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / Signal transduction by L1 / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / liver regeneration / acrosomal vesicle / Wnt signaling pathway / cerebral cortex development / Regulation of PTEN stability and activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / chromatin / apoptotic process / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bischoff, N. / Olsen, B. / Raaf, J. / Bretner, M. / Issinger, O.-G. / Niefind, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the reduced affinity between the protein kinase CK2 subunits CK2alpha prime and CK2beta 著者: Bischoff, N. / Olsen, B. / Raaf, J. / Bretner, M. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of human protein kinase CK2: insights into basic properties of the CK2 holoenzyme 著者: Niefind, K. / Guerra, B. / Ermakowa, I. / Issinger, O.-G. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of the catalytic subunit of protein kinase CK2 from Zea mays at 2.1 A resolution 著者: Niefind, K. / Guerra, B. / Pinna, L.A. / Issinger, O.-G. / Schomburg, D. #3: ジャーナル: CELL.MOL.LIFE SCI. / 年: 2009 タイトル: Protein kinase CK2: from structures to insights 著者: Niefind, K. / Raaf, J. / Issinger, O.-G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pvrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41261.176 Da / 分子数: 1 / 変異: C336S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P19784, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-4B0 / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein stock solution: 6 mg/ml protein, 25 mM Tris/HCl, pH 8.5, 500 mM sodium chloride, 1 mM inhibitor 3-(4,5,6,7-tetrabromo-1H-benzotriazol-1-yl)propan-1-ol Reservoir: 28 % PEG6000, 500 mM ...詳細: Protein stock solution: 6 mg/ml protein, 25 mM Tris/HCl, pH 8.5, 500 mM sodium chloride, 1 mM inhibitor 3-(4,5,6,7-tetrabromo-1H-benzotriazol-1-yl)propan-1-ol Reservoir: 28 % PEG6000, 500 mM lithium chloride, 100 mM Tris/HCl, pH 8.5 Drop: mixture of 0.5 uL protein solution plus 0.5 uL reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→33.03 Å / Num. all: 27265 / Num. obs: 23663 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 26.083 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 12.61 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 47.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PVR 解像度: 2→33.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.974 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.698 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→33.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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