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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nck | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of BlaC-E166A covalently bound with Nafcillin | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | Hydrolase/Antibiotic / penicillin binding protein / beta-lactam covalent adduct / Hydrolase-Antibiotic complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Tremblay, L.W. / Blanchard, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: BlaC-E166A covalently bound with cephalosporins and penicillins 著者: Tremblay, L.W. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nck.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nck.ent.gz | 44.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nck | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28214.689 Da / 分子数: 1 / 変異: E182A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaA, blaC, MT2128, MTCY49.07c, Rv2068c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NFF / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 2 M NH4H2PO4, pH 7.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→50.79 Å / Num. obs: 6626 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 12.1 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.874 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 327 / % possible all: 93.89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3DWZ 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.766 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.4 Å2 / Biso mean: 34.813 Å2 / Biso min: 13.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
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