+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nc4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The binding of beta-D-glucopyranosyl-thiosemicarbazone derivatives to glycogen phosphorylase: a new class of inhibitors | ||||||
要素 | Glycogen phosphorylase, muscle formグリコーゲンホスホリラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Glycogenolysis (グリコーゲンの分解) / type 2 diabetes (2型糖尿病) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.07 Å | ||||||
データ登録者 | Alexacou, K.-M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010 タイトル: The binding of beta-D-glucopyranosyl-thiosemicarbazone derivatives to glycogen phosphorylase: a new class of inhibitors 著者: Alexacou, K.M. / Tenchiu Deleanu, A.C. / Chrysina, E.D. / Charavgi, M.D. / Kostas, I.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. / Leonidas, D.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nc4.cif.gz | 182.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3nc4.ent.gz | 142.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nc4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nc4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 3mqfC 3mrtC 3mrvC 3mrxC 3ms2C 3ms4C 3ms7C 3mscC 3mt7C 3mt8C 3mt9C 3mtaC 3mtbC 3mtdC 2prjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97432.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Muscle / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: Rabbitウサギ 参照: UniProt: P00489, グリコーゲンホスホリラーゼ | ||
---|---|---|---|
#2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: small tubes / pH: 6.7 詳細: Crystals grown from 20 mg/ml of protein in a buffer solution containing 10 mM BES pH 6.7, 1 mM EDTA, 3 mM DTT. Crystals were soaked with 20mM inhibitor in 20% DMSO for 21 hrs 10 mins, pH 6.7, ...詳細: Crystals grown from 20 mg/ml of protein in a buffer solution containing 10 mM BES pH 6.7, 1 mM EDTA, 3 mM DTT. Crystals were soaked with 20mM inhibitor in 20% DMSO for 21 hrs 10 mins, pH 6.7, SMALL TUBES, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.815 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月22日 |
放射 | モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.815 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→30 Å / Num. all: 48018 / Num. obs: 48018 / % possible obs: 80.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.59 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.72 / % possible all: 83.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2PRJ 解像度: 2.07→27.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.109 / SU ML: 0.113 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.638 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.07→27.99 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.07→2.119 Å / Total num. of bins used: 20
|