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万見
- PDB-3mms: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae MTA/SAH nucleosidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mms
タイトルCrystal structure of Streptococcus pneumoniae MTA/SAH nucleosidase in complex with 8-aminoadenine
要素5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / mixed alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / cytosol
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9H-purine-6,8-diamine / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Siu, K.K.W. / Lee, J.E. / Horvatin-Mrakovcic, C. / Howell, P.L.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae MTA/SAH nucleosidase in complex with 8-aminoadenine
著者: Siu, K.K.W. / Lee, J.E. / Horvatin-Mrakovcic, C. / Howell, P.L.
履歴
登録2010年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0444
ポリマ－24,6521
非ポリマー3923
水3,837213
1
A: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子

A: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0898
ポリマ－49,3042
非ポリマー7856
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation27_455-x-1/2,y,-z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area16410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.720, 145.720, 145.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-443-

HOH

21A-446-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase


分子量: 24651.988 Da / 分子数: 1 / 変異: T23A, A39V, D64V, T184A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC 6303 / 遺伝子: mtnN, pfs, SPP_0997, spr0894 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q8DQ16, UniProt: A0A0H2UPP7*PLUS, methylthioadenosine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-Q88 / 9H-purine-6,8-diamine / 8-aminoadenine / 8-アミノアデニン


分子量: 150.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.26 M sodium citrate, 90 mM sodium HEPES, pH 7.5, 10 % (v/v) glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月16日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→32.58 Å / Num. obs: 34861 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.28 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.21 / Net I/σ(I): 13.6 / Scaling rejects: 12528
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRMethod translation: &STRIP%trans_method

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→35 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 1722 4.9 %
Rwork0.182 --
obs-34787 99.5 %
溶媒の処理Bsol: 46.078 Å2
原子変位パラメータBiso max: 55.21 Å2 / Biso mean: 16.497 Å2 / Biso min: 4.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1686 0 28 213 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.7361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.3832
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.1892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.0722.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3qx88.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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