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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mdt | ||||||
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タイトル | Voriconazole complex of Cytochrome P450 46A1 | ||||||
要素 | Cholesterol 24-hydroxylase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CYP46A1 / P450 46A1 / P450 / VORICONAZOLE / MONOOXYGENASE / METABOLIC ENZYME / HEME / Cholesterol metabolism / Endoplasmic reticulum / Iron / Lipid metabolism / Membrane / Metal-binding / Microsome / NADP / Steroid metabolism / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / regulation of long-term synaptic potentiation / steroid hydroxylase activity ...cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / regulation of long-term synaptic potentiation / steroid hydroxylase activity / Endogenous sterols / cholesterol catabolic process / xenobiotic metabolic process / presynapse / nervous system development / postsynapse / iron ion binding / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / heme binding / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Mast, N. / Charvet, C. / Pikuleva, I. / Stout, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural basis of drug binding to CYP46A1, an enzyme that controls cholesterol turnover in the brain. 著者: Mast, N. / Charvet, C. / Pikuleva, I.A. / Stout, C.D. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008 タイトル: Crystal structures of substrate-bound and substrate-free cytochrome P450 46A1, the principal cholesterol hydroxylase in the brain. 著者: Mast, N. / White, M.A. / Bjorkhem, I. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Pikuleva, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mdt.cif.gz | 195.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mdt.ent.gz | 154.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mdt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3mdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3mdt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52125.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 51-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP46A1, CYP46 / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: Q9Y6A2, EC: 1.14.13.98 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 8% PEG 8000, 20% glycerol, 50 mM KPi, 0.03% undecylmaltoside, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: Rh coated flat mirror | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 deg プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.3→92.86 Å / Num. all: 45803 / Num. obs: 45803 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 5 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 6719 / Rsym value: 0.392 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Q9F 解像度: 2.3→92.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.563 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY TWO TWIN DOMAINS: H,K,L TWIN FRACTION 0.500 -H,K,-L TWIN FRACTION 0.500 20 TLS GROUPS REFINED PER CHAIN
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.84 Å2 / Biso mean: 35.1 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→92.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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