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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lkf | ||||||
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タイトル | LEUKOCIDIN F (HLGB) FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS WITH PHOSPHOCHOLINE BOUND | ||||||
要素 | LEUKOCIDIN F SUBUNIT | ||||||
キーワード | TOXIN / LEUKOTOXIN / HEMOLYSIN / PORE-FORMING TOXIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Olson, R. / Nariya, H. / Yokota, K. / Kamio, Y. / Gouaux, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of staphylococcal LukF delineates conformational changes accompanying formation of a transmembrane channel. 著者: Olson, R. / Nariya, H. / Yokota, K. / Kamio, Y. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lkf.cif.gz | 76.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lkf.ent.gz | 56.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lkf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lkf_validation.pdf.gz | 375.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lkf_full_validation.pdf.gz | 376.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lkf_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lkf_validation.cif.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/3lkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/3lkf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34090.719 Da / 分子数: 1 / 断片: WATER-SOLUBLE MONOMER / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: SMITH 5R / 遺伝子: LUKF / プラスミド: PTRCLUKF / 遺伝子 (発現宿主): LUKF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5A / 参照: UniProt: P0A077 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9184 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 26850 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.049 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rsym value: 0.176 / % possible all: 86 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86 % / Rmerge(I) obs: 0.176 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PREVIOUSLY DETERMINED STRUCTURE 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 26815 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 11.017 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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