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- PDB-3ktm: Structure of the Heparin-induced E1-Dimer of the Amyloid Precurso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ktm
タイトルStructure of the Heparin-induced E1-Dimer of the Amyloid Precursor Protein (APP)
要素Amyloid beta A4 protein
キーワードCELL ADHESION / SIGNALING PROTEIN / Protein Structure / Alzheimer disease / Amyloid / Amyloidosis / Apoptosis / Copper / Disease mutation / Disulfide bond / Endocytosis / Heparin-binding / Metal-binding / Neurodegeneration / Notch signaling pathway / Proteoglycan / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / microglia development / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway ...amyloid-beta complex / microglia development / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / positive regulation of protein metabolic process / dendrite development / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / presynaptic active zone / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / signaling receptor activator activity / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / neuromuscular process controlling balance / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / forebrain development / smooth endoplasmic reticulum / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / axonogenesis / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / cholesterol metabolic process / response to interleukin-1 / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / platelet alpha granule lumen / positive regulation of glycolytic process / adult locomotory behavior / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / learning / locomotory behavior / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / neuromuscular junction / visual learning / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / neuron cellular homeostasis / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / apical part of cell / synaptic vesicle / Platelet degranulation / cell-cell junction
類似検索 - 分子機能
Sugar Binding Protein, Amyloid A4 Protein; Chain A / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) ...Sugar Binding Protein, Amyloid A4 Protein; Chain A / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Dna Ligase; domain 1 / PH-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / (3R)-butane-1,3-diol / Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Dahms, S.O. / Hoefgen, S. / Roeser, D. / Schlott, B. / Guhrs, K.H. / Than, M.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure and biochemical analysis of the heparin-induced E1 dimer of the amyloid precursor protein.
著者: Dahms, S.O. / Hoefgen, S. / Roeser, D. / Schlott, B. / Guhrs, K.H. / Than, M.E.
履歴
登録2009年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid beta A4 protein
B: Amyloid beta A4 protein
C: Amyloid beta A4 protein
D: Amyloid beta A4 protein
E: Amyloid beta A4 protein
F: Amyloid beta A4 protein
G: Amyloid beta A4 protein
H: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,53425
ポリマ－174,0978
非ポリマー1,43717
水5,080282
1
A: Amyloid beta A4 protein
C: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8606
ポリマ－43,5242
非ポリマー3354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Amyloid beta A4 protein
D: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9567
ポリマ－43,5242
非ポリマー4315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Amyloid beta A4 protein
H: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8606
ポリマ－43,5242
非ポリマー3354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Amyloid beta A4 protein
G: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8606
ポリマ－43,5242
非ポリマー3354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8522
ポリマ－21,7621
非ポリマー901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
B: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0074
ポリマ－21,7621
非ポリマー2453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
C: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0074
ポリマ－21,7621
非ポリマー2453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
D: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9483
ポリマ－21,7621
非ポリマー1862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
E: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0074
ポリマ－21,7621
非ポリマー2453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
F: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8522
ポリマ－21,7621
非ポリマー901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
G: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8522
ポリマ－21,7621
非ポリマー901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
H: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0074
ポリマ－21,7621
非ポリマー2453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.990, 143.990, 351.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Amyloid beta A4 protein / Alzheimer disease amyloid protein / ABPP / APP


分子量: 21762.080 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 18-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APP, A4, AD1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: P05067
#2: 化合物
ChemComp-BU4 / (3R)-butane-1,3-diol / (R)-1,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月19日 / 詳細: Double crystal monochromator with 2 sets of mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29 Å / Num. obs: 74422 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 69.152 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10822

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解析

ソフトウェア
名称分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MWP, 2FJZ

1mwp

2fjz


解像度: 2.7→29 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 3735 5 %
Rwork0.2151 --
all-74570 -
obs-74407 99.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 48.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11065 0 89 282 11436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007975
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44886

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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