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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kr2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of hPNMT in Complex AdoHcy and 5-fluoro-1H-benzo[d]imidazol-2-amine | ||||||
要素 | Phenylethanolamine N-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / methyltransferase / fragment screening / Catecholamine biosynthesis / S-adenosyl-L-methionine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Drinkwater, N. / Martin, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010 タイトル: Fragment-based screening by X-ray crystallography, MS and isothermal titration calorimetry to identify PNMT (phenylethanolamine N-methyltransferase) inhibitors. 著者: Drinkwater, N. / Vu, H. / Lovell, K.M. / Criscione, K.R. / Collins, B.M. / Prisinzano, T.E. / Poulsen, S.A. / McLeish, M.J. / Grunewald, G.L. / Martin, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kr2.cif.gz | 226 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kr2.ent.gz | 183 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kr2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3kr2_validation.pdf.gz | 968.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3kr2_full_validation.pdf.gz | 974.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3kr2_validation.xml.gz | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3kr2_validation.cif.gz | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/3kr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/3kr2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3kpjC 3kpuC 3kpvC 3kpwC 3kpyC 3kqmC 3kqoC 3kqpC 3kqqC 3kqsC 3kqtC 3kqvC 3kqwC 3kqyC 3kr0C 3kr1C 1hnnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31845.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PENT, PNMT / プラスミド: pET17 PNMT-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.65 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG6K, LiCl, cacodylate, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: HiRes2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→45.72 Å / Num. obs: 38507 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.87 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 10 / Scaling rejects: 1127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB entry 1HNN 解像度: 2.3→45.717 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.789 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.1 Å2 / Biso mean: 60.298 Å2 / Biso min: 28.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.717 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 24.3148 Å / Origin y: 51.3748 Å / Origin z: -5.4375 Å
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精密化 TLSグループ |
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