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万見
- PDB-3kq0: Crystal structure of human alpha1-acid glycoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kq0
タイトルCrystal structure of human alpha1-acid glycoprotein
要素Alpha-1-acid glycoprotein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PLASMA PROTEIN / GLYCOPROTEIN / POLYMORPHISM / ACUTE PHASE PROTEIN / SECRETED / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / LIPOCALIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032760 / neutrophil degranulation / platelet degranulation / positive regulation of interleukin-1 production / regulation of immune system process / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-1 beta production / acute-phase response ...positive regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032760 / neutrophil degranulation / platelet degranulation / positive regulation of interleukin-1 production / regulation of immune system process / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-1 beta production / acute-phase response / specific granule lumen / tertiary granule lumen / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / inflammatory response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-1-acid glycoprotein / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl acetate / Alpha-1-acid glycoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / UV-RIP / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schiefner, A. / Schonfeld, D.L. / Ravelli, R.B.G. / Mueller, U. / Skerra, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The 1.8-A crystal structure of alpha1-acid glycoprotein (Orosomucoid) solved by UV RIP reveals the broad drug-binding activity of this human plasma lipocalin.
著者: Schonfeld, D.L. / Ravelli, R.B. / Mueller, U. / Skerra, A.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2010年2月9日ID: 3BX6
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1-acid glycoprotein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8513
ポリマ－22,6811
非ポリマー1702
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.894, 78.894, 93.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1-acid glycoprotein 1 / AGP 1 / Orosomucoid-1 / OMD 1


分子量: 22681.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGP-A, AGP1, ORM, ORM1 / プラスミド: pAGP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100(DELTA)SKP / 参照: UniProt: P02763
#2: 化合物 ChemComp-JIM / (2R)-2,3-dihydroxypropyl acetate / (1R)-1-glycerol acetate / (-)-1-モノアセチン


分子量: 134.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE LIGAND JIM HAS BEEN MODELLED ACCORDING TO THE FOBS BUT WAS NOT VERIFIED BY BIOCHEMICAL METHODS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
13.261.6The structure factor file contains both the native Fobs and the Fobs with UV-radiation damage (crystal condition no 2).
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.41.9 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.92.2 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-111.0054
シンクロトロンBESSY 14.120.9184
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年3月13日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年3月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00541
20.91841
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 26679 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: UV-RIP / 解像度: 1.8→19.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.222 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23963 1374 5 %RANDOM
Rwork0.20178 ---
obs0.20364 25898 97.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1454 0 10 142 1606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0221500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1571.9532036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7025174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8182580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10315257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.74157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6111.5876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.77121429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.933624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2164.5607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 84 -
Rwork0.32 1519 -
obs--80.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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