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- PDB-3k7r: Crystal structure of [TM][CuAtx1]3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k7r
タイトルCrystal structure of [TM][CuAtx1]3
要素Metal homeostasis factor ATX1
キーワードCHAPERONE / ferredoxin-like fold / protein-metal-drug complex / Cu-Mo metal cluster / Copper transport / Ion transport / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


copper chaperone activity / copper ion transport / cellular response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRATHIOMOLYBDATE / COPPER (II) ION / D-MALATE / Copper chaperone ATX1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Xue, Y. / Alvarez, H.M. / Robinson, C.D. / Mondragon, A. / O'Halloran, T.V.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Tetrathiomolybdate inhibits copper trafficking proteins through metal cluster formation.
著者: Alvarez, H.M. / Xue, Y. / Robinson, C.D. / Canalizo-Hernandez, M.A. / Marvin, R.G. / Kelly, R.A. / Mondragon, A. / Penner-Hahn, J.E. / O'Halloran, T.V.
履歴
登録2009年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal homeostasis factor ATX1
B: Metal homeostasis factor ATX1
C: Metal homeostasis factor ATX1
D: Metal homeostasis factor ATX1
E: Metal homeostasis factor ATX1
F: Metal homeostasis factor ATX1
G: Metal homeostasis factor ATX1
H: Metal homeostasis factor ATX1
I: Metal homeostasis factor ATX1
J: Metal homeostasis factor ATX1
K: Metal homeostasis factor ATX1
L: Metal homeostasis factor ATX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,97434
ポリマ－98,79212
非ポリマー2,18222
水6,539363
1
A: Metal homeostasis factor ATX1
B: Metal homeostasis factor ATX1
C: Metal homeostasis factor ATX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1768
ポリマ－24,6983
非ポリマー4785
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Metal homeostasis factor ATX1
E: Metal homeostasis factor ATX1
F: Metal homeostasis factor ATX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3109
ポリマ－24,6983
非ポリマー6126
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Metal homeostasis factor ATX1
H: Metal homeostasis factor ATX1
I: Metal homeostasis factor ATX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1768
ポリマ－24,6983
非ポリマー4785
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Metal homeostasis factor ATX1
K: Metal homeostasis factor ATX1
L: Metal homeostasis factor ATX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3109
ポリマ－24,6983
非ポリマー6126
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Metal homeostasis factor ATX1
B: Metal homeostasis factor ATX1
C: Metal homeostasis factor ATX1
D: Metal homeostasis factor ATX1
E: Metal homeostasis factor ATX1
F: Metal homeostasis factor ATX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,48717
ポリマ－49,3966
非ポリマー1,09111
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
6
G: Metal homeostasis factor ATX1
H: Metal homeostasis factor ATX1
I: Metal homeostasis factor ATX1
J: Metal homeostasis factor ATX1
K: Metal homeostasis factor ATX1
L: Metal homeostasis factor ATX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,48717
ポリマ－49,3966
非ポリマー1,09111
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area21850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.887, 182.242, 52.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

-
要素

#1: タンパク質
Metal homeostasis factor ATX1


分子量: 8232.650 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATX1, N0840, YNL259C / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38636
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-4SM / TETRATHIOMOLYBDATE


分子量: 224.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoS4
#4: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.15 M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% PEG 3350, EVAPORATION, temperature 287K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID11.3799, 1.3805, 1.3850
シンクロトロンAPS 19-BM20.9787
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.37991
21.38051
31.3851
40.97871
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 47445 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.28→2.38 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3998 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
SHARP位相決定
autoSHARP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1CC8

1cc8


解像度: 2.28→37.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 11.557 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25612 2404 5.1 %RANDOM
Rwork0.20174 ---
obs0.2045 44981 96.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.464 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→37.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6740 0 54 363 7157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7582.0039232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8755845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.14726.175251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.473151406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.5791512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7281.54253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33526956
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48632679
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9764.52275
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 516 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.470.5
Bmedium positional0.440.5
Cmedium positional0.590.5
Dmedium positional0.420.5
Emedium positional0.480.5
Fmedium positional0.40.5
Gmedium positional0.550.5
Hmedium positional0.50.5
Imedium positional0.450.5
Jmedium positional0.550.5
Kmedium positional0.430.5
Lmedium positional0.590.5
Amedium thermal1.362
Bmedium thermal1.142
Cmedium thermal1.672
Dmedium thermal1.422
Emedium thermal1.252
Fmedium thermal1.692
Gmedium thermal1.552
Hmedium thermal1.172
Imedium thermal1.232
Jmedium thermal2.162
Kmedium thermal1.212
Lmedium thermal1.832
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 133 -
Rwork0.269 2471 -
obs--72.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6740.1624-0.63151.6144-1.07923.55320.0069-0.08980.15440.21230.02210.1461-0.1137-0.3136-0.02890.10130.01490.0040.0769-0.06910.097816.908138.761821.7768
21.84520.1439-1.07180.8561-0.14981.01910.01740.3428-0.003-0.0297-0.0666-0.0186-0.0291-0.30820.04920.0522-0.0016-0.02980.1113-0.02820.056615.044418.651414.9694
31.36591.26331.11051.9810.5871.8229-0.2103-0.08610.32890.0719-0.04760.2742-0.4599-0.11670.25790.13970.0218-0.03230.0384-0.01040.20169.391520.065529.6004
40.5493-0.4623-0.33080.9248-0.13670.5926-0.0407-0.0334-0.04750.2218-0.0294-0.0166-0.10630.00340.07020.072-0.0333-0.01670.048-0.02110.090381.656310.926345.0874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 72
2X-RAY DIFFRACTION1B2 - 73
3X-RAY DIFFRACTION1C2 - 73
4X-RAY DIFFRACTION2D2 - 73
5X-RAY DIFFRACTION2E2 - 73
6X-RAY DIFFRACTION2F2 - 73
7X-RAY DIFFRACTION3G2 - 73
8X-RAY DIFFRACTION3H4 - 73
9X-RAY DIFFRACTION3I3 - 73
10X-RAY DIFFRACTION4J2 - 73
11X-RAY DIFFRACTION4K2 - 73
12X-RAY DIFFRACTION4L2 - 69

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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