[日本語] English
万見
- PDB-3jsx: X-ray Crystal structure of NAD(P)H: Quinone Oxidoreductase-1 (NQO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jsx
タイトルX-ray Crystal structure of NAD(P)H: Quinone Oxidoreductase-1 (NQO1) bound to the coumarin-based inhibitor AS1
要素NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / coumarin-based inhibitors / NQ01 / FAD / Flavoprotein / NAD / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / cellular response to metal ion / NADH oxidation / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H ...response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / cellular response to metal ion / NADH oxidation / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADPH oxidation / response to tetrachloromethane / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / response to hydrogen sulfide / response to alkaloid / response to carbohydrate / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / response to testosterone / response to amine / superoxide dismutase activity / response to electrical stimulus / nitric oxide biosynthetic process / removal of superoxide radicals / xenobiotic metabolic process / response to nutrient / cell redox homeostasis / response to hormone / response to ischemia / protein catabolic process / negative regulation of protein catabolic process / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / response to ethanol / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / innate immune response / neuronal cell body / synapse / dendrite / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CC2 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Levy, C. / Leys, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Synthesis and biological evaluation of coumarin-based inhibitors of NAD(P)H: quinone oxidoreductase-1 (NQO1).
著者: Nolan, K.A. / Doncaster, J.R. / Dunstan, M.S. / Scott, K.A. / Frenkel, A.D. / Siegel, D. / Ross, D. / Barnes, J. / Levy, C. / Leys, D. / Whitehead, R.C. / Stratford, I.J. / Bryce, R.A.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年12月10日Group: Structure summary
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,13924
ポリマ－246,2118
非ポリマー8,92716
水7,819434
1
A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7856
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,2324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
2
C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7856
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,2324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
3
E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7856
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,2324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PISA
4
F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7856
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,2324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.040, 209.940, 102.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 / Quinone reductase 1 / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / QR1 / DT-diaphorase / DTD / Azoreductase / ...Quinone reductase 1 / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / QR1 / DT-diaphorase / DTD / Azoreductase / Phylloquinone reductase / Menadione reductase


分子量: 30776.412 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DIA4, NMOR1, NQO1, NQO1 cDNA / プラスミド: PKK 233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15559, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CC2 / 4-hydroxy-6,7-dimethyl-3-(naphthalen-1-ylmethyl)-2H-chromen-2-one


分子量: 330.377 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.4M ammonium sulfate, 0.1M Tris buffer pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月9日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.954 Å / Num. all: 107399 / Num. obs: 100053 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 1.99 / Observed criterion σ(I): 1.99 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 53.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 13.98
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6558 / % possible all: 84.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F1O

2f1o


解像度: 2.45→47.954 Å / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / σ(I): 2 / 位相誤差: 33.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 5063 5.01 %Random
Rwork0.2063 ---
obs0.2095 100053 99.66 %-
all-101037 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.469 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.0319 Å20 Å2-2.4046 Å2
2---11.673 Å20 Å2
3----18.3588 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17176 0 624 434 18234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27824880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5126536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053072
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.45-2.47780.40931540.297311897
2.4778-2.5070.34481750.2785313898
2.507-2.53760.34851660.27513219100
2.5376-2.56970.36751570.27413182100
2.5697-2.60350.35581750.27343209100
2.6035-2.63920.35481740.25923211100
2.6392-2.67690.36511700.2723190100
2.6769-2.71680.3311560.26963194100
2.7168-2.75930.36531550.26533232100
2.7593-2.80450.34351550.26463223100
2.8045-2.85280.3461860.27163172100
2.8528-2.90470.38621470.27553241100
2.9047-2.96060.32421550.26393184100
2.9606-3.0210.33851680.25153223100
3.021-3.08670.32181630.25293199100
3.0867-3.15850.33521460.24223211100
3.1585-3.23740.29871760.2333183100
3.2374-3.32490.3091880.22323205100
3.3249-3.42280.26911880.22243156100
3.4228-3.53320.2781670.21093226100
3.5332-3.65940.2851880.20193188100
3.6594-3.80590.23711610.18453183100
3.8059-3.9790.24861730.1743181100
3.979-4.18870.19891640.18033246100
4.1887-4.4510.24581810.15983221100
4.451-4.79430.20511630.1553169100
4.7943-5.27630.22111920.15473229100
5.2763-6.03850.22371660.18583205100
6.0385-7.60290.22791780.18573204100
7.6029-47.96310.23391760.185323299

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る