PDB-3jsx: X-ray Crystal structure of NAD(P)H: Quinone Oxidoreductase-1 (NQO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jsx

タイトル

X-ray Crystal structure of NAD(P)H: Quinone Oxidoreductase-1 (NQO1) bound to the coumarin-based inhibitor AS1

要素

NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / coumarin-based inhibitors / NQ01 / FAD / Flavoprotein / NAD / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / vitamin K metabolic process / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Dunstan, M.S. / Levy, C. / Leys, D.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Synthesis and biological evaluation of coumarin-based inhibitors of NAD(P)H: quinone oxidoreductase-1 (NQO1).
著者: Nolan, K.A. / Doncaster, J.R. / Dunstan, M.S. / Scott, K.A. / Frenkel, A.D. / Siegel, D. / Ross, D. / Barnes, J. / Levy, C. / Leys, D. / Whitehead, R.C. / Stratford, I.J. / Bryce, R.A.

履歴

登録	2009年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年12月10日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jsx.cif.gz	449.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jsx.ent.gz	372 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3jsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3jsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f1oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6llc-4 6llc-1 5eai-3 5eai-6 6fy4-2 1kbq-2 6llc-3 1dxo-1 5a4k-1 5eai-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

255 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.040, 209.940, 102.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 / Quinone reductase 1 / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / QR1 / DT-diaphorase / DTD / Azoreductase / ...Quinone reductase 1 / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / QR1 / DT-diaphorase / DTD / Azoreductase / Phylloquinone reductase / Menadione reductase 分子量: 30776.412 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DIA4, NMOR1, NQO1, NQO1 cDNA / プラスミド: PKK 233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15559, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CC2 / 4-hydroxy-6,7-dimethyl-3-(naphthalen-1-ylmethyl)-2H-chromen-2-one 分子量: 330.377 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.4M ammonium sulfate, 0.1M Tris buffer pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 180 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月9日
放射	モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→47.954 Å / Num. all: 107399 / Num. obs: 100053 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 1.99 / Observed criterion σ(I): 1.99 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 53.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 13.98
反射シェル	解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6558 / % possible all: 84.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2F1O

2f1o

解像度: 2.45→47.954 Å / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / σ(I): 2 / 位相誤差: 33.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	5063	5.01 %	Random
R_work	0.2063	-	-	-
obs	0.2095	100053	99.66 %	-
all	-	101037	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.469 Å² / k_sol: 0.334 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	30.0319 Å²	0 Å²	-2.4046 Å²
2-	-	-11.673 Å²	0 Å²
3-	-	-	-18.3588 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17176	0	624	434	18234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	18328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.278	24880
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.512	6536
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	2576
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3072

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.45-2.4778	0.4093	154	0.297	3118	97
2.4778-2.507	0.3448	175	0.2785	3138	98
2.507-2.5376	0.3485	166	0.2751	3219	100
2.5376-2.5697	0.3675	157	0.2741	3182	100
2.5697-2.6035	0.3558	175	0.2734	3209	100
2.6035-2.6392	0.3548	174	0.2592	3211	100
2.6392-2.6769	0.3651	170	0.272	3190	100
2.6769-2.7168	0.331	156	0.2696	3194	100
2.7168-2.7593	0.3653	155	0.2653	3232	100
2.7593-2.8045	0.3435	155	0.2646	3223	100
2.8045-2.8528	0.346	186	0.2716	3172	100
2.8528-2.9047	0.3862	147	0.2755	3241	100
2.9047-2.9606	0.3242	155	0.2639	3184	100
2.9606-3.021	0.3385	168	0.2515	3223	100
3.021-3.0867	0.3218	163	0.2529	3199	100
3.0867-3.1585	0.3352	146	0.2422	3211	100
3.1585-3.2374	0.2987	176	0.233	3183	100
3.2374-3.3249	0.309	188	0.2232	3205	100
3.3249-3.4228	0.2691	188	0.2224	3156	100
3.4228-3.5332	0.278	167	0.2109	3226	100
3.5332-3.6594	0.285	188	0.2019	3188	100
3.6594-3.8059	0.2371	161	0.1845	3183	100
3.8059-3.979	0.2486	173	0.174	3181	100
3.979-4.1887	0.1989	164	0.1803	3246	100
4.1887-4.451	0.2458	181	0.1598	3221	100
4.451-4.7943	0.2051	163	0.155	3169	100
4.7943-5.2763	0.2211	192	0.1547	3229	100
5.2763-6.0385	0.2237	166	0.1858	3205	100
6.0385-7.6029	0.2279	178	0.1857	3204	100
7.6029-47.9631	0.2339	176	0.185	3232	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)