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- PDB-3iu8: M. tuberculosis methionine aminopeptidase with Ni inhibitor T03 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iu8
タイトルM. tuberculosis methionine aminopeptidase with Ni inhibitor T03
要素Methionine aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / enzyme-inhibitor complex / Aminopeptidase / Cobalt / Metal-binding / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / cobalt ion binding / metalloaminopeptidase activity / protein processing / iron ion binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / 3-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-4H-1,2,4-triazole / Methionine aminopeptidase 2 / Methionine aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ye, Q.Z. / Lu, J.P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Catalysis and Inhibition of Mycobacterium tuberculosis Methionine Aminopeptidase
著者: Lu, J.P. / Chai, S.C. / Ye, Q.Z.
履歴
登録2009年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7648
ポリマ－31,2111
非ポリマー5527
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,29124
ポリマ－93,6343
非ポリマー1,65721
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area31350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.728, 105.728, 50.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-445-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase / MAP / Peptidase M


分子量: 31211.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: map, mapB, MT2929, MTV003.07c, Rv2861c / プラスミド: pGEMEX-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A5J2, UniProt: P9WK19*PLUS, methionyl aminopeptidase

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非ポリマー , 5種, 169分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-T03 / 3-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-4H-1,2,4-triazole


分子量: 209.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8FN3S
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.4 M AMS, 15% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器日付: 2009年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 27549 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Χ2: 1.91 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.888.80.71412581.37590.5
1.88-1.92100.65313573.162100
1.92-1.95110.61913754.489100
1.95-1.9911.20.49313631.58100
1.99-2.0411.20.44113761.427100
2.04-2.0811.20.52113634.367100
2.08-2.1411.30.36213851.589100
2.14-2.1911.30.30213791.532100
2.19-2.2611.30.28913781.853100
2.26-2.3311.30.25713691.514100
2.33-2.4111.30.23813841.466100
2.41-2.5111.40.21313731.455100
2.51-2.6311.30.19413781.455100
2.63-2.7611.30.23113992.33100
2.76-2.9411.30.12513881.451100
2.94-3.1611.30.10313891.443100
3.16-3.4811.30.09313741.661100
3.48-3.9911.20.06113921.451100
3.99-5.0211.20.0514211.346100
5.02-5010.60.05514481.39699.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.95 Å36.49 Å
Translation1.95 Å36.49 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YJ3

1yj3


解像度: 1.85→36.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.172 / WRfactor Rwork: 0.147 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.887 / SU B: 2.238 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / SU Rfree: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1385 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.167 27534 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.57 Å2 / Biso mean: 14.814 Å2 / Biso min: 3.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 0 24 162 2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9681.9583057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2495283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.05423.72394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.36715337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1761515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1931.51411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99822293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4463825
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3444.5764
LS精密化 シェル解像度: 1.853→1.901 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 115 -
Rwork0.224 1882 -
all-1997 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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