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- PDB-3ioi: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalacto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ioi
タイトルCrystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with a novel UDP-Gal derived inhibitor (1GW)
要素Histo-blood group ABO system transferase
キーワードTRANSFERASE / GTA / ABO / cisAB mutant / AA(Gly)B / ROSSMANN FOLD / INHIBITOR / SEMI-CLOSED CONFORMATION / BLOOD GROUP ANTIGEN / GLYCOPROTEIN / GLYCOSYLTRANSFERASE / GOLGI APPARATUS / MANGANESE / MEMBRANE / METAL-BINDING / POLYMORPHISM / SECRETED / SIGNAL-ANCHOR / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / : / Golgi cisterna membrane / : / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / : / Golgi cisterna membrane / : / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1GW / : / Histo-blood group ABO system transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Pesnot, T. / Jorgensen, R. / Palcic, M.M. / Wagner, G.K.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and mechanistic basis for a new mode of glycosyltransferase inhibition.
著者: Pesnot, T. / Jorgensen, R. / Palcic, M.M. / Wagner, G.K.
履歴
登録2009年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4814
ポリマ－34,6541
非ポリマー8273
水4,035224
1
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子

A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9638
ポリマ－69,3082
非ポリマー1,6556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area5280 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.160, 148.440, 79.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Histo-blood group ABO system transferase / NAGAT / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / ...NAGAT / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Histo-blood group A transferase / A transferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Histo-blood group B transferase / B transferase / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase soluble form


分子量: 34654.008 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular catalytic domain / 変異: L266G, G268A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABO / プラスミド: PCW DELTA 1AC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-1GW / 5-(2-FORMYLTHIEN-5-YL)-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-GALACTOSE / ヒドロキシ(5-(5-ホルミル-2-チエニル)-5′-ウリジリルオキシ)ホスフィニルα-D-ガラクトピラノシド


分子量: 676.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N2O18P2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM MOPS pH 7, 50-200 mM ammonium sulfate, 50 mM MnCl2, and 6-9% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.90772 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月29日
詳細: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m)
放射モノクロメーター: Bent Si (220) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→20 Å / Num. obs: 54487 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.07 % / Biso Wilson estimate: 22.001 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17.34
反射 シェル解像度: 1.45→1.6 Å / 冗長度: 7.25 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. measured obs: 99444 / Num. unique all: 13715 / Num. unique obs: 13715 / % possible all: 99.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.75 Å
Translation2.5 Å19.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RIT

2rit


解像度: 1.45→19.644 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.907 / SU ML: 0.03 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 1634 3 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.16 54482 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.529 Å2 / ksol: 0.46 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.67 Å2 / Biso mean: 20.78 Å2 / Biso min: 6.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.616 Å20 Å20 Å2
2--0.012 Å2-0 Å2
3---1.605 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→19.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2241 0 49 224 2514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4183286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.619931
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.4930.271340.2454292442699
1.493-1.5410.2651330.224360449399
1.541-1.5960.2281350.18243534488100
1.596-1.660.1981330.16743664499100
1.66-1.7350.1691370.15643974534100
1.735-1.8270.1841370.14743894526100
1.827-1.9410.1731350.14243844519100
1.941-2.0910.1541360.13144164552100
2.091-2.3010.1341370.13244144551100
2.301-2.6330.1611380.14444564594100
2.633-3.3150.1781380.15644714609100
3.315-19.6460.1621410.1664550469198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1092-0.5650.45541.6673-0.29071.29120.2662-0.049-0.03480.0549-0.2679-0.30180.13350.3501-0.00520.16830.02880.00720.2191-0.00150.18898.643511.2313-31.8055
20.79270.2755-0.1386-0.27440.1290.7632-0.02250.0271-0.12720.00890.0396-0.08230.1578-0.0405-0.01220.0955-0.0018-0.00980.0649-0.00510.10861.67939.3421-15.4419
31.75770.82190.27230.94890.0970.0641-0.06060.2613-0.0641-0.06380.11910.002-0.02180.0144-0.05650.08420.0037-0.00050.12440.01390.09313.465721.3069-24.2778
40.99370.07860.1670.552-0.27521.16250.0743-0.15890.01680.070.0286-0.087-0.0309-0.0114-0.06040.0955-0.0237-0.01840.1149-0.00630.084120.762224.40260.3758
50.14830.22980.03970.65440.07681.48590.04850.0932-0.0774-0.0139-0.0103-0.1677-0.03830.171-0.02810.082-0.0002-0.00520.10390.00110.116123.279720.5642-11.1499
60.3841-0.2003-0.09521.04250.3125.220.07380.07730.0203-0.15090.0977-0.1772-0.40360.1965-0.17830.1073-0.01590.02270.0907-0.02380.09820.460530.3913-9.1818
73.9462.1690.1781.90530.07610.54130.1757-0.1479-0.03960.3123-0.0891-0.2116-0.33710.2468-0.07960.1932-0.0449-0.00850.1625-0.01870.136326.663929.96283.8832
81.0403-0.6094-0.70990.85530.00021.38040.1178-0.23930.17460.0937-0.1141-0.0131-0.09380.4187-0.02020.0788-0.01560.0040.1749-0.01050.079227.704928.0184-12.0958
91.49970.1399-0.93890.8692-0.38830.0439-0.0014-0.19870.06840.28490.18630.3049-0.1529-0.0206-0.14440.26340.01040.0480.19530.00020.180216.791532.11335.1799
102.0904-1.01220.55111.60181.05041.16320.4056-0.62730.744-0.1065-0.2007-0.1273-0.1777-0.0567-0.12860.239-0.01330.0670.3615-0.15170.38779.203234.94481.8048
113.4052-0.3623-0.92684.35634.68662.08640.0789-0.50080.8066-0.3213-0.0349-0.0884-0.4781-0.1234-0.02050.15950.00620.00870.1464-0.04790.242311.925436.1419-9.525
120.3810.21850.2804-0.0124-0.17990.91640.06770.0024-0.07720.0057-0.0484-0.00490.12880.0774-0.02530.1160.0004-0.02420.09420.02130.116118.3816.2408-4.837
130.76830.0108-0.25320.14690.22880.150.0185-0.0458-0.16280.086-0.0535-0.01640.0432-0.02360.03820.0955-0.0059-0.01110.07860.01380.10484.435613.8522-6.7239
140.96640.2376-0.45121.75220.77791.28270.0751-0.3326-0.00810.3454-0.11220.37870.13-0.39040.01750.1674-0.03120.04770.22070.02290.1479-7.190116.38346.8792
150.61480.1444-0.04630.29190.25780.09860.0492-0.0707-0.01310.0507-0.045-0.01020.0506-0.0318-0.0070.1009-0.0116-0.0060.0990.01620.0943.906919.0479-4.5602
161.1444-0.6734-0.95840.72790.12961.17390.15850.11840.24820.0264-0.0869-0.0324-0.37-0.2789-0.07710.15030.02420.02020.1319-0.00450.13081.637232.0702-2.6281
170.22520.40930.47062.11030.0826-3.51690.0466-0.29970.07030.88040.1529-0.1310.01170.1249-0.1620.3397-00.03120.2468-0.04520.1097-1.409128.619812.7101
181.0109-0.085-0.23190.8064-0.21140.0490.0354-0.1774-0.06790.14530.0070.0137-0.0335-0.0995-0.02910.0967-0.00260.00130.13490.01740.0831-0.48920.4469-1.2064
190.2456-0.37450.1475-0.246-0.10291.3099-0.02690.026-0.12380.0767-0.07340.02490.2150.01110.06830.1561-0.0063-0.02090.07960.03110.133413.4695.9194-4.5662
201.13090.06330.8358-0.0982-0.49773.13060.0781-0.0469-0.25220.0514-0.1373-0.14230.26640.16270.00170.1240.0053-0.04160.10830.02340.138317.08839.5764-5.4206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 65:80)A65 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 81:97)A81 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 98:113)A98 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 114:132)A114 - 132
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 133:145)A133 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 146:151)A146 - 151
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 152:161)A152 - 161
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 162:169)A162 - 169
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11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 197:207)A197 - 207
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 208:219)A208 - 219
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 220:242)A220 - 242
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 243:260)A243 - 260
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 261:274)A261 - 274
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 275:286)A275 - 286
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 287:298)A287 - 298
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 299:319)A299 - 319
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 320:335)A320 - 335
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 336:346)A336 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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