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- PDB-3iiq: Crystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iiq
タイトルCrystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternary complex with Arylomycin A2 and a beta-sultam inhibitor
要素
  • ARYLOMYCIN A2
  • SIGNAL PEPTIDASE I
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC/INHIBITOR / SER/LYS DYAD / LIPOPEPTIDE / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / BIARYL BRIDGE / MORPHOLINO BETA-SULTAM / ANTIBIOTIC (抗生物質) / PEPTIDASE (プロテアーゼ) / HYDROLASE-ANTIBIOTIC-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


signal peptidase I / signal peptide processing / protein processing / peptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 / Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 - #10 / Signal peptidase I, all-beta subdomain / Peptidase S26A, signal peptidase I, lysine active site / Signal peptidases I lysine active site. / Peptidase S26A, signal peptidase I / Signal peptidase, peptidase S26 / Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site / Signal peptidases I signature 3. / Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site ...Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 / Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 - #10 / Signal peptidase I, all-beta subdomain / Peptidase S26A, signal peptidase I, lysine active site / Signal peptidases I lysine active site. / Peptidase S26A, signal peptidase I / Signal peptidase, peptidase S26 / Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site / Signal peptidases I signature 3. / Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site / Signal peptidases I serine active site. / Peptidase S26 / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Beta Complex / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARYLOMYCIN A2 / アセトニトリル / Chem-JZA / 10-METHYLUNDECANOIC ACID / : / Signal peptidase I
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
STREPTOMYCES SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Paetzel, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystallographic Analysis of Bacterial Signal Peptidase in Ternary Complex with Arylomycin A2 and a Beta-Sultam Inhibitor.
著者: Luo, C. / Roussel, P. / Dreier, J. / Page, M.G. / Paetzel, M.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGNAL PEPTIDASE I
B: SIGNAL PEPTIDASE I
C: ARYLOMYCIN A2
D: ARYLOMYCIN A2
C: 10-METHYLUNDECANOIC ACID
D: 10-METHYLUNDECANOIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,21916
ポリマ－57,2234
非ポリマー1,99712
水4,432246
1
B: SIGNAL PEPTIDASE I
D: ARYLOMYCIN A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3845
ポリマ－28,6112
非ポリマー7733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-4.4 kcal/mol
Surface area11380 Å2
手法PISA
2
A: SIGNAL PEPTIDASE I
C: ARYLOMYCIN A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,83511
ポリマ－28,6112
非ポリマー1,2249
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint4.2 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.007, 70.007, 259.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 SIGNAL PEPTIDASE I / / SPASE I / LEADER PEPTIDASE I


分子量: 27966.658 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 76-323, PERIPLASMIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: LEPB / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00803, signal peptidase I
#2: タンパク質・ペプチド ARYLOMYCIN A2 / /


タイプ: Lipopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 644.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: ARYLOMYCIN A2 IS A BIARYL-BRIDGED LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) N-TERM EXOCYCLIC TRIPEPTIDE (2) A TRICYCLIC PEPTIDE, WITH [3,3] BIARYL BOND BETWEEN RESIDUE 4 AND 6 AN ...詳細: ARYLOMYCIN A2 IS A BIARYL-BRIDGED LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) N-TERM EXOCYCLIC TRIPEPTIDE (2) A TRICYCLIC PEPTIDE, WITH [3,3] BIARYL BOND BETWEEN RESIDUE 4 AND 6 AN ISO-C12 FATTY ACID IS LINKED TO RESIDUE 1.
由来: (天然) STREPTOMYCES SP. (バクテリア) / 参照: NOR: NOR01115, ARYLOMYCIN A2

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非ポリマー , 6種, 258分子 CD

#3: 化合物 ChemComp-JZA / 4-[(1,1-dioxido-1,2-thiazetidin-2-yl)carbonyl]morpholine / beta-sultam / 2-(モルホリノカルボニル)-1,2-チアゼチジン1,1-ジオキシド


分子量: 220.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12N2O4S
#4: 化合物 ChemComp-TRT / FRAGMENT OF TRITON X-100 / 1-{2-[2-(2-METHOXYETHOXY)ETHOXY]ETHOXY}-4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)BENZENE / トリトンX-100


分子量: 352.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36O4 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル / アセトニトリル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#7: 化合物
ChemComp-M12 / 10-METHYLUNDECANOIC ACID / / 10-メチルウンデカン酸


タイプ: Lipopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 200.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
詳細: ARYLOMYCIN A2 IS A BIARYL-BRIDGED LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) N-TERM EXOCYCLIC TRIPEPTIDE (2) A TRICYCLIC PEPTIDE, WITH [3,3] BIARYL BOND BETWEEN RESIDUE 4 AND 6 AN ...詳細: ARYLOMYCIN A2 IS A BIARYL-BRIDGED LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) N-TERM EXOCYCLIC TRIPEPTIDE (2) A TRICYCLIC PEPTIDE, WITH [3,3] BIARYL BOND BETWEEN RESIDUE 4 AND 6 AN ISO-C12 FATTY ACID IS LINKED TO RESIDUE 1.
参照: ARYLOMYCIN A2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ARYLOMYCIN A2 IS A CYCLIC LIPOHEXAPEPTIDE, A MEMBER OF THE ARYLOMYCIN FAMILY. ALL MEMBERS HAVE A ...ARYLOMYCIN A2 IS A CYCLIC LIPOHEXAPEPTIDE, A MEMBER OF THE ARYLOMYCIN FAMILY. ALL MEMBERS HAVE A FATTY ACID AT THE N-TERM AND A CORE STRUCTURE OF TRIPEPTIDE MACROCYCLE FORMED BY A C-C BIARYL LINKAGE BETWEEN RESIDUES 4 AND 6. HERE, ARYLOMYCIN A2 IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND ONE LIGAND (HET) M12.
非ポリマーの詳細LIGAND JZA, MORPHOLINO-BETA-SULTAM, IS A BETA-LACTAMSE TYPE INHIBITOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2M NH4 FORMATE, 25% PEG 2000, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5, AND 5% TERTIARY-AMYL ALCOHOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.1217
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1217 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→67.4 Å / Num. obs: 40272 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2→2.14 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.052 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T7D CHAIN A WITH LIGANDS REMOVED

1t7d


解像度: 2→67.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 9.239 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 2035 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.21 38237 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20 Å20 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3----2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→67.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3573 0 114 246 3933
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0223770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3482.0145115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.3835431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36524165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88215577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2291522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3210.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.21663
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.22426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8241.52255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33423542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.30131762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3684.51569
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 113 -
Rwork0.266 1741 -
obs--60.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
131.0406-11.79487.646743.0687-5.66594.43930.6596-1.67251.18411.4435-1.6351-4.6309-1.4652-0.46940.97550.0838-0.136-0.23540.0988-0.04750.19737.484421.964-7.4643
21.09610.48280.0073.00680.8291.78140.02660.1207-0.12520.3484-0.0244-0.18450.1058-0.0562-0.0023-0.0199-0.0086-0.01210.2388-0.01330.0158-3.412211.8379-14.8828
321.8851-10.181111.20811.7696-11.075613.846-0.416-0.38221.18450.68250.3913-0.9353-0.7251-0.12920.02470.06150.01490.03370.14930.01820.0157-0.385929.0444-12.9678
41.4260.5352-0.30023.1456-1.95295.28650.10380.23020.12620.37860.0840.1687-0.1424-0.4678-0.18780.03350.01390.01390.22230.01830.0083-9.874522.1636-10.4581
51.12842.5643-0.06338.72371.98511.5686-0.05710.39520.2438-0.09790.17320.3956-0.1625-0.4738-0.1161-0.10930.0573-0.01690.39080.15590.0661-20.129927.7514-24.1147
61.40071.21151.07489.1683-0.54431.0923-0.26580.48970.17120.12820.45680.4585-0.0401-0.3118-0.191-0.0699-0.0010.06250.50840.02920.0424-15.49119.7669-27.4731
72.1901-0.7792-3.117117.43691.48485.6903-0.02790.1228-0.21190.20220.6382-0.45260.83770.1793-0.6103-0.1869-0.1133-0.07730.35-0.150.0758-11.44771.2802-24.7457
82.3891-0.7479-0.05544.9963-0.16153.3899-0.2774-0.1153-0.3495-0.21960.1536-0.29020.47330.17180.1237-0.0863-0.08380.00350.4865-0.0567-0.012-17.0548-0.703-28.0131
94.39632.1315-0.74562.757-0.10180.16560.00290.52320.0085-0.26340.06370.2473-0.0333-0.0881-0.0666-0.0686-0.047-0.02830.44880.0237-0.0181-14.086217.563-27.5193
1028.4464-1.457-2.803612.8139-4.049144.8897-0.31180.0785-1.56370.3377-0.7880.14290.7579-1.23991.0998-0.10490.05860.15260.50580.01670.322-28.724619.3224-15.6738
115.70934.8882.971727.5398-6.29624.8930.3315-0.31880.34750.39850.27381.7815-0.593-0.9548-0.6053-0.01530.19090.21170.36160.11880.118-26.824330.7231-12.1948
1248.31542.370122.321242.984927.659421.527-0.96470.64532.33780.13450.21582.3335-1.5175-1.87920.74880.00890.0990.10290.66550.37160.2458-26.569228.6704-18.2243
131.3780.2393-0.7381.46820.38570.71520.03610.25680.20340.32750.06620.2242-0.1492-0.2541-0.1023-0.01790.04960.03310.30930.0685-0.0041-16.655323.7842-14.8124
142.9014-2.6197-1.99116.16782.22144.09140.06160.2497-0.08420.2198-0.0036-0.13260.0268-0.0795-0.0580.0357-0.0364-0.0580.27180.0210.0778-1.405217.2662-12.645
15135.6967-42.4202-40.177640.63559.997712.1357-1.4872-3.7451-0.40290.72731.8581-1.64511.2374-0.0847-0.37090.3839-0.34670.11480.3291-0.13790.2451-5.3397-1.1229-11.8291
164.295-1.4959-1.52736.2051-1.26274.1240.0230.5144-0.303-0.0109-0.2066-0.25910.12520.10930.1836-0.0745-0.0098-0.00740.3129-0.03520.06662.99329.4707-21.7008
173.9601-0.0094-1.45282.55990.94024.354-0.0741-0.09380.1639-0.29850.0032-0.20030.06470.25710.07090.02160.01-0.02530.1980.0180.047515.252435.9121-48.8929
1814.087117.1875-6.726225.2374-0.974615.4679-0.75840.108-0.5933-1.44010.6841-0.96172.01320.39830.0743-0.03650.2528-0.05610.21710.05030.017120.653420.8459-51.1883
192.0989-0.4507-0.67432.5916-1.36386.9447-0.078-0.0834-0.0456-0.13040.05480.140.344-0.15250.02320.0842-0.00840.01780.17380.0240.012810.062826.4056-53.8963
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224.4116-4.93222.60468.39451.1427.24390.7253-0.2355-1.05760.687-1.43850.04043.3708-1.79840.71320.557-0.11490.29960.1904-0.0130.04296.98337.9548-39.7575
232.1887-2.3979-0.35696.9636-0.84271.96880.14030.07180.2198-0.30.00530.0747-0.1563-0.1562-0.1455-0.0660.0005-0.02040.3608-0.0250.0461-0.017839.3835-38.2956
247.3974-6.97660.76899.5408-1.53941.2729-0.3891-0.570.51250.62620.332-0.3268-0.2475-0.35560.0571-0.03460.0581-0.03180.4464-0.06990.029-0.852540.7269-31.852
254.8775-0.98131.04114.7724-1.79612.7199-0.0461-0.3129-0.0693-0.09550.001-0.38470.32390.33650.04510.00820.0586-0.00550.38980.0253-0.05757.704625.6625-35.8282
262.8502-3.1422-3.067113.6319.94869.40010.22220.2073-0.4942-0.5014-0.48220.40580.5103-1.36750.260.0743-0.0918-0.03790.25430.0065-0.0178-6.530819.8563-48.9172
2740.9657-19.9292-12.792510.32576.015638.24680.0870.1876-2.4193-0.3763-0.21471.39991.042-1.70430.12770.2084-0.1351-0.05350.21440.12830.1448-3.84913.5797-47.4077
281.5435-1.4029-0.48372.70112.02473.1772-0.1566-0.1699-0.2614-0.1490.13830.10730.5338-0.03120.01830.0898-0.03670.03360.18210.0714-0.00485.701520.8634-48.2507
292.38030.63550.47210.6990.51222.5658-0.0459-0.0851-0.0187-0.06040.0419-0.08610.27050.05970.00410.14230.00860.00020.22630.04490.047611.11926.4627-51.7443
3047.1171-16.909216.377114.3838-9.12528.358-0.3959-0.27590.2357-0.51550.32760.9841-1.2567-2.28990.0682-0.09990.076-0.09720.1201-0.02350.02179.802246.2807-47.1978
3110.4247-4.74545.046835.0323-15.716916.348-0.30160.38381.1737-1.26620.80832.5315-2.1038-1.4189-0.50670.14750.1742-0.20560.155-0.0290.087713.487149.2604-45.0337
3219.95663.39274.00797.84658.44779.10170.4069-1.1662-0.86460.4063-0.0721-0.20620.6501-0.4539-0.3348-0.0285-0.0088-0.05110.35720.07870.102319.369636.6726-39.9678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A79 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2A83 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3A104 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4A127 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5A151 - 168
6X-RAY DIFFRACTION6A169 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7A206 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8A214 - 224
9X-RAY DIFFRACTION9A225 - 245
10X-RAY DIFFRACTION10A246 - 250
11X-RAY DIFFRACTION11A251 - 256
12X-RAY DIFFRACTION12A257 - 261
13X-RAY DIFFRACTION13A262 - 286
14X-RAY DIFFRACTION14A287 - 305
15X-RAY DIFFRACTION15A306 - 312
16X-RAY DIFFRACTION16A313 - 323
17X-RAY DIFFRACTION17B80 - 104
18X-RAY DIFFRACTION18B105 - 126
19X-RAY DIFFRACTION19B127 - 148
20X-RAY DIFFRACTION20B149 - 164
21X-RAY DIFFRACTION21B165 - 170
22X-RAY DIFFRACTION22B171 - 183
23X-RAY DIFFRACTION23B184 - 212
24X-RAY DIFFRACTION24B213 - 226
25X-RAY DIFFRACTION25B227 - 241
26X-RAY DIFFRACTION26B242 - 256
27X-RAY DIFFRACTION27B257 - 261
28X-RAY DIFFRACTION28B262 - 277
29X-RAY DIFFRACTION29B278 - 301
30X-RAY DIFFRACTION30B302 - 308
31X-RAY DIFFRACTION31B309 - 317
32X-RAY DIFFRACTION32B318 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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