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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i7b | ||||||
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タイトル | Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with bumped kinase inhibitor NM-PP1 | ||||||
要素 | Calmodulin-domain protein kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / protein kinase / calmodulin / EF hand / bumped kinase inhibitor / ATP-binding / kinase / nucleotide-binding / serine/threonine-protein kinase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.988 Å | ||||||
データ登録者 | Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Toxoplasma gondii calcium-dependent protein kinase 1 is a target for selective kinase inhibitors. 著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. ...著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. / Buckner, F.S. / Parsons, M. / Hol, W.G. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C. #1: ジャーナル: ACS Med.chem.lett. / 年: 2010 タイトル: Discovery of Potent and Selective Inhibitors of CDPK1 from C. parvum and T. gondii 著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G.K. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L.M.J. / White Jr, A.C. / ...著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G.K. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L.M.J. / White Jr, A.C. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3i7b.cif.gz | 112.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3i7b.ent.gz | 85.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3i7b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3i7b_validation.pdf.gz | 826.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3i7b_full_validation.pdf.gz | 830.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3i7b_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3i7b_validation.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i7b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-507 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: residues 1-29 were replaced with a 3C cleavable His-tag and linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: CDPK1, TgCDPK1 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-BK1 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 6.5 詳細: 26% PEG 3350, 0.18 M ammonium citrate, 4 mM NM-PP1; cryoprotected with 10% ethylene glycol, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.988→50 Å / Num. obs: 30350 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.988→2.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2975 / Χ2: 1.07 / % possible all: 98.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 45.21 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3I79 解像度: 1.988→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 9.825 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES ARE RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.84 Å2 / Biso mean: 19.845 Å2 / Biso min: 3.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.988→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.988→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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