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万見
- PDB-3hnb: Factor VIII Trp2313-His2315 segment is involved in membrane bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hnb
タイトルFactor VIII Trp2313-His2315 segment is involved in membrane binding as shown by crystal structure of complex between factor VIII C2 domain and an inhibitor
要素Coagulation factor VIII
キーワードBLOOD CLOTTING / SMALL MOLECULE INHIBITOR/BLOOD CLOTTING
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 sulfation at Y1699 / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant ...Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 sulfation at Y1699 / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Defective F8 cleavage by thrombin / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Golgi lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / signaling receptor activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / F5/8 type C domain ...Coagulation factor 5/8-like / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Galactose-binding domain-like / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-768 / Coagulation factor VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Liu, Z. / Yuan, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Trp2313-His2315 of factor VIII C2 domain is involved in membrane binding: structure of a complex between the C2 domain and an inhibitor of membrane binding.
著者: Liu, Z. / Lin, L. / Yuan, C. / Nicolaes, G.A. / Chen, L. / Meehan, E.J. / Furie, B. / Furie, B. / Huang, M.
履歴
登録2009年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Coagulation factor VIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4932
ポリマ－18,0301
非ポリマー4631
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.054, 55.775, 67.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor VIII / recombine factor VIII / Procoagulant component / Antihemophilic factor / AHF


分子量: 18029.559 Da / 分子数: 1
断片: C2 domain of Factor VIIIa light chain, UNP residues 2189-2347
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F8 / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P00451
#2: 化合物 ChemComp-768 / (2R)-1-(2,4-dichlorophenoxy)-3-[(2E)-2-imino-3-(2-piperidin-1-ylethyl)-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-1-yl]propan-2-ol / 1-(2,4-dichlorophenoxy)-3-{2-imino-3-[2-(1-piperidinyl)ethyl]-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-1-yl}-2-propanol


分子量: 463.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28Cl2N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.8M sodium chloride, 0.1M Tris-HCl, 3% glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→50 Å / Num. obs: 55023 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル解像度: 1.14→1.18 Å / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D7P

1d7p


解像度: 1.15→25.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 1.352 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2791 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.208 54940 --
obs0.187 54940 94.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.25 Å2 / Biso mean: 10.984 Å2 / Biso min: 3.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→25.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1243 0 31 167 1441
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.9582080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3535198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.69224.28663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09215257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.74157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.2705
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21053
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0571.5932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50721514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1164.5566
LS精密化 シェル解像度: 1.147→1.176 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 183 -
Rwork0.236 3421 -
all-3604 -
obs--85.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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