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万見
- PDB-3hdz: Identification, Synthesis, and SAR of Amino Substituted Pyrido[3,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hdz
タイトルIdentification, Synthesis, and SAR of Amino Substituted Pyrido[3,2b]pryaziones as Potent and Selective PDE5 Inhibitors
要素cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase,cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4A,cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / PDE5 / PDE-5 / inhibition / Alternative splicing / cAMP / Phosphoprotein / Polymorphism Allosteric enzyme / cGMP / cGMP-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / RHOBTB1 GTPase cycle / extrinsic component of membrane / cGMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / RHOBTB1 GTPase cycle / extrinsic component of membrane / cGMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / Smooth Muscle Contraction / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / ruffle membrane / cellular response to xenobiotic stimulus / sensory perception of smell / G alpha (s) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / GAF-like domain superfamily / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PD6 / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cubbage, J.W. / Brown, D.G. / Jacobsen, E.J. / Walker, J.K. / Hughes, R.O.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Identification, synthesis and SAR of amino substituted pyrido[3,2b]pyrazinones as potent and selective PDE5 inhibitors.
著者: Owen, D.R. / Walker, J.K. / Jon Jacobsen, E. / Freskos, J.N. / Hughes, R.O. / Brown, D.L. / Bell, A.S. / Brown, D.G. / Phillips, C. / Mischke, B.V. / Molyneaux, J.M. / Fobian, Y.M. / Heasley, ...著者: Owen, D.R. / Walker, J.K. / Jon Jacobsen, E. / Freskos, J.N. / Hughes, R.O. / Brown, D.L. / Bell, A.S. / Brown, D.G. / Phillips, C. / Mischke, B.V. / Molyneaux, J.M. / Fobian, Y.M. / Heasley, S.E. / Moon, J.B. / Stallings, W.C. / Joseph Rogier, D. / Fox, D.N. / Palmer, M.J. / Ringer, T. / Rodriquez-Lens, M. / Cubbage, J.W. / Blevis-Bal, R.M. / Benson, A.G. / Acker, B.A. / Maddux, T.M. / Tollefson, M.B. / Bond, B.R. / Macinnes, A. / Yu, Y.
履歴
登録2009年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年6月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source ...diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ..._diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _struct.pdbx_descriptor / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年7月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase,cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4A,cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7354
ポリマ－37,3521
非ポリマー3833
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.015, 76.502, 80.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-861-

HOH

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要素

#1: タンパク質 cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase,cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4A,cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE / DPDE2 / PDE46 / cGMP-binding cGMP-specific ...cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE / DPDE2 / PDE46 / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE


分子量: 37351.988 Da / 分子数: 1
断片: PDE4A residues 456-480, PDE5A residues 536-657 682-858
変異: Residues 658-682 from PDE4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Residues 658-682 from PDE4 / 遺伝子: PDE5A, PDE5, PDE4A, DPDE2 / プラスミド: Fastbac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): High5
参照: UniProt: O76074, UniProt: P27815, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-PD6 / 5-amino-1-butyl-7-phenyl-1,6-naphthyridin-4(1H)-one


分子量: 293.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19N3O
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 30784 / Num. obs: 30728 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.98 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rsym value: 0.052 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 26.796
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.087 / Mean I/σ(I) obs: 14.1 / Num. unique all: 3067 / Rsym value: 0.087 / Χ2: 0.822 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.231 / WRfactor Rwork: 0.198 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.866 / SU B: 2.439 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.138 / SU Rfree: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1558 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 30707 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.73 Å2 / Biso mean: 17.821 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20.79 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2617 0 24 385 3026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0091.9683639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87134428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9225324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.04625.038131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.07615499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6621514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.21923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.260.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5851.51704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1121.5645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86622615
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67531172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5474.51023
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 103 -
Rwork0.187 2129 -
all-2232 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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