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- PDB-3hcc: Crystal Structure of hPNMT in Complex With anti-9-amino-5-(triflu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hcc | ||||||
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Title | Crystal Structure of hPNMT in Complex With anti-9-amino-5-(trifluromethyl) benzonorbornene and AdoHcy | ||||||
![]() | Phenylethanolamine N-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / Catecholamine biosynthesis / Polymorphism / S-adenosyl-L-methionine | ||||||
Function / homology | ![]() phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Drinkwater, N. / Martin, J.L. / Gee, C.L. / Puri, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular recognition of physiological substrate noradrenaline by the adrenaline-synthesizing enzyme PNMT and factors influencing its methyltransferase activity. Authors: Drinkwater, N. / Gee, C.L. / Puri, M. / Criscione, K.R. / McLeish, M.J. / Grunewald, G.L. / Martin, J.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 189.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 965.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hcaC ![]() 3hcbC ![]() 3hcdC ![]() 3hceC ![]() 3hcfC ![]() 1hnnS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31845.967 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.28 Å3/Da / Density % sol: 62.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: PEG6K, LiCl, cacodylate, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 29, 2005 |
Radiation | Monochromator: HiRes2 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→29.95 Å / Num. obs: 38435 / Redundancy: 7.78 % / Biso Wilson estimate: 46.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 7.84 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1HNN Resolution: 2.3→29.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.817 / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.638 Å2 / ksol: 0.294 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126.73 Å2 / Biso mean: 58.034 Å2 / Biso min: 28.86 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→29.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 24.4305 Å / Origin y: 51.7563 Å / Origin z: -5.1375 Å
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Refinement TLS group |
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