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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h6v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the iGluR2 ligand-binding core (S1S2J-N754S) in complex with glutamate and NS5206 at 2.10 A resolution | ||||||
要素 | Glutamate receptor 2 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / AMPA receptor ligand-binding core / iGluR2 S1S2J-N754S / allosteric modulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Hald, H. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Distinct structural features of cyclothiazide are responsible for effects on peak current amplitude and desensitization kinetics at iGluR2. 著者: Hald, H. / Ahring, P.K. / Timmermann, D.B. / Liljefors, T. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S. #1: ジャーナル: Neuron / 年: 2000 タイトル: Mechanisms for activation and antagonism of an AMPA-sensitive glutamate receptor: crystal structures of the GluR2 ligand binding core. 著者: Armstrong, N. / Gouaux, E. #2: ジャーナル: Nature / 年: 2002 タイトル: Mechanism of glutamate receptor desensitization. 著者: Sun, Y. / Olson, R. / Horning, M. / Armstrong, N. / Mayer, M. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h6v.cif.gz | 134.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3h6v.ent.gz | 103.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h6v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3h6v_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3h6v_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3h6v_validation.xml.gz | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3h6v_validation.cif.gz | 45.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29194.658 Da / 分子数: 2 断片: iGluR2-flop ligand-binding core: UNP residues 413-796 変異: N754S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19491 |
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-非ポリマー , 6種, 673分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-DMS / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | NATIVE IGLUR2 IS A MEMBRANE PROTEIN. THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND-BINDING ...NATIVE IGLUR2 IS A MEMBRANE PROTEIN. THE PROTEIN CRYSTALLIZ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % |
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結晶化 | 温度: 279 K / pH: 4.5 詳細: 20 % PEG 4000, 0.3 M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 96.5 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.141 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月14日 |
放射 | モノクロメーター: SINGLE ASYMMETRICALLY CUT SI(111) CRYSTAL WITH HORIZONTAL DIFFRACTION PLANE. THE CRYSTAL IS BENDABLE FOR HORIZONTAL FOCUSING. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.141 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→24.89 Å / Num. obs: 34807 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 4.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1MM6 解像度: 2.1→23.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 2010074.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.01 Å2 / ksol: 0.348086 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→23.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 34
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Xplor file |
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