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万見
- PDB-3gur: Crystal Structure of mu class glutathione S-transferase (GSTM2-2)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gur
タイトルCrystal Structure of mu class glutathione S-transferase (GSTM2-2) in complex with glutathione and 6-(7-Nitro-2,1,3-benzoxadiazol-4-ylthio)hexanol (NBDHEX)
要素Glutathione S-transferase Mu 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GSTM2-2-inhibitor complex / glutathione-NBDHEX covalent complex (sigma-complex) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / relaxation of cardiac muscle / cellular response to caffeine ...nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / relaxation of cardiac muscle / cellular response to caffeine / glutathione transferase / glutathione transferase activity / xenobiotic catabolic process / calcium channel inhibitor activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / fatty acid binding / sarcoplasmic reticulum / glutathione metabolic process / transmembrane transporter binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BYG / GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase Mu 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Federici, L. / Lo Sterzo, C. / Di Matteo, A. / Scaloni, F. / Federici, G. / Caccuri, A.M.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the binding of the anticancer compound 6-(7-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-4-ylthio)hexanol to human glutathione s-transferases
著者: Federici, L. / Lo Sterzo, C. / Pezzola, S. / Di Matteo, A. / Scaloni, F. / Federici, G. / Caccuri, A.M.
履歴
登録2009年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase Mu 2
B: Glutathione S-transferase Mu 2
C: Glutathione S-transferase Mu 2
D: Glutathione S-transferase Mu 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4689
ポリマ－102,5824
非ポリマー1,8865
水3,009167
1
A: Glutathione S-transferase Mu 2
B: Glutathione S-transferase Mu 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2034
ポリマ－51,2912
非ポリマー9122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase Mu 2
D: Glutathione S-transferase Mu 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2655
ポリマ－51,2912
非ポリマー9743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.750, 78.016, 219.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase Mu 2 / GSTM2-2 / GST class-mu 2


分子量: 25645.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGST-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28161, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-BYG / L-gamma-glutamyl-S-{(4R)-4-[(6-hydroxyhexyl)sulfanyl]-7-nitro-4,5-dihydro-2,1,3-benzoxadiazol-4-yl}-L-cysteinylglycine


分子量: 604.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H32N6O10S2
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16% PEG 8000, 200mM NaCl, 100mM MES , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→109.7 Å / Num. all: 32108 / Num. obs: 32108 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 18.32
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 7.01 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HNC

1hnc


解像度: 2.5→29.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 9.875 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.07 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27345 1606 5 %RANDOM
Rwork0.21331 ---
obs0.21623 30437 92.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7181 0 124 167 7472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227505
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.98610123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.355863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9824.124371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.017151330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4611543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.23503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.25064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5571.54504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9226995
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.21833534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.974.53128
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 110 -
Rwork0.25 1939 -
obs--81.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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